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Il '''sito attivo''' di una proteina è un '''insieme di gruppi chimici''' che si sono venuti a formare dal momento in cui residui amminoacidici che nella struttura primaria si trovavano distanti, con il raggomitolarsi della proteina sono venuti a trovarsi vicini e hanno potuto formare dei legami. Il sito attivo, quindi è tipico delle proteine globulari(quelle con struttura terziaria). Il sito attivo si trova verso l'interno della proteina lontano dal solvente acquoso (cioè si trova nel core idrofobico della proteina).I gruppi chimici del sito attivo sono complementari ai gruppi chimici del substrato che la proteina deve riconoscere e legarsi.
Il sito attivo degli enzimi è più complesso in quanto oltre ai gruppi di riconoscimento vi sono i gruppi catalitici che partecipano direttamente alla rottura e alla formazione dei legami.
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