Nel corso della sua carriera è stato più volte querelato o citato in giudizio per quanto da lui scritto o dichiarato, masubendo nessunanche diverse condanne [[Processodiritto (diritto)penale|procedimentocivili]] e [[diritto penale|penalepenali]] si è concluso con una sentenza definitiva di condanna.<ref>{{cita web|url=http://chiareletterewww.gruppi.ilcannocchialeilpost.it/filemanagerfilippofacci/2013/01/19/download.aspx?id=1146|titolo=Casellario giudiziale generale di Marco Travaglio|data=25il-07dolo-2008|accesso=13di-07-2009travaglio/}}</ref> A seguito di alcune querele è stato celebrato un processo nel quale è stato [[Assoluzione (diritto)|assolto]]. In altri processi civili sono state pronunciate, in primo grado o in appello, [[sentenza|sentenze]] di [[condanna]]. In un caso il procedimento si è concluso per [[remissione della querela]] e in uno per [[prescrizione]]. Di seguito sono descritti alcuni dei procedimenti più significativi che lo hanno coinvolto:
