Amplified fragment length polymorphism: differenze tra le versioni

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La '''AFLP-PCR''' o semplicemente '''AFLP''' è un'analisi basata sulla [[PCR]] utilizzata in [[genetica]], per il [[DNA fingerprint]]ing, ed in [[Ingegneria genetica]].

È un metodo estremamente sensibile per individuare [[Polimorfismo_(biologia)|polimorfismi]] a livello del [[DNA]], descritto per la prima volta da Vos et al. nel 1993.<ref>Zabeau, M and P. Vos. 1993. Selective restriction fragment amplification: a general method for DNA fingerprinting. European Patent Office, publication 0 534 858 A1, bulletin 93/13.</ref><ref>{{citeCita journalpubblicazione |authorautore=Vos P, Hogers R, Bleeker M, ''et al.'' |titletitolo=AFLP: a new technique for DNA fingerprinting |journalrivista=Nucleic Acids Res. |volume=23 |issuenumero=21 |pagespagine=4407–14 |yearanno=1995 |monthmese=November novembre|pmidid=PMID 7501463 |pmc=307397 |url=http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=7501463 |doi=10.1093/nar/23.21.4407}}</ref> La procedura è divisa in tre passaggi:<ref>[http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/FLASH3.php]</ref>

# Digestione del DNA cellulare totale con uno o più [[Enzimi di restrizione]] e legame delle [[Enzimi di restrizione|semi-sequenze di restrizione]] presenti sui frammenti a specifici ''adattori'' (frammenti a sequenza conosciuta);

# Amplificazione selettiva di alcuni di questi frammenti (''ampliconi'') con due primer per PCR complementari alla sequenza "'adattore + semisequenza di restrizione + sequenza selettiva<ref>una sequenza arbitraria e non degenerata (tipicamente tra 1 e tre nucleotidi) utile per una selezione di precisione</ref>'";

# Separazione degli ''ampliconi'' mediante elettroforesi su gel seguita da visualizzazione delle bande.

AFLP non è un acronimo ed è incorretto, nonostante numerosissime pubblicazioni tendano a farlo, riferirsi a questo metodo come "Amplified fragment length polymorphism",<ref>{{citeCita journalpubblicazione |authorautore=Vos P, Hogers R, Bleeker M, ''et al.'' |titletitolo=AFLP: a new technique for DNA fingerprinting |journalrivista=Nucleic Acids Res. |volume=23 |issuenumero=21 |pagespagine=4407–14 |yearanno=1995 |monthmese=November novembre|pmidid=PMID 7501463 |pmc=307397 |url=http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=7501463 |doi=10.1093/nar/23.21.4407}}</ref> poiché quelli analizzati da questo metodo non si considerano polimorfismi di lunghezza quanto piuttosto polimorfismi di presenza-assenza.

Una variante dell'AFLP è la cDNA-AFLP,<ref>[http://www.keygene.com/keygene/techs-apps/technologies_gene.php cDNA-AFLP]</ref> utilizzata per quantificare le differenze in termini di espressione genica.

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La tecnologia AFLP è stata usata in test di paternità e per analisi forensi, nonché per determinare sottili differenze tra popolazioni, ed in studi di [[Geni associati|linkage]] al fine di generare mappe per l'analisi dei [[Tratto_quantitativo|Tratti quantitativi]].

Esistono numerosi vantaggi nell'usare l'AFLP piuttosto che altre metodiche di [[Marcatori genetici|marcatura]] come ad esempio [[RAPD]], [[RFLP]], e [[microsatelliti]]. L'AFLP non solo è caratterizzata da maggiore riproducibilità, risoluzione e sensibilità a livello genomico rispetto alle tecniche citate,<ref>{{citeCita journalpubblicazione |authorautore=Mueller UG, Wolfenbarger LL |titletitolo=AFLP genotyping and fingerprinting |journalrivista=Trends Ecol. Evol. (Amst.) |volume=14 |issuenumero=10 |pagespagine=389–394 |yearanno=1999 |monthmese=October ottobre|pmidid=PMID 10481200 |url=http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0169534799016596 |doi=10.1016/S0169-5347(99)01659-6}} </ref> ma ha anche la capacità di amplificare un elevato numero di frammenti simultaneamente. Inoltre, non è necessaria per l'amplificazione alcuna informazione preventiva sulla natura della sequenza.<ref>{{citeCita journalpubblicazione |authorautore=Meudt HM, Clarke AC |titletitolo=Almost forgotten or latest practice? AFLP applications, analyses and advances |journalrivista=Trends Plant Sci. |volume=12 |issuenumero=3 |pagespagine=106–17 |yearanno=2007 |monthmese=March marzo|pmidid=PMID 17303467 |doi=10.1016/j.tplants.2007.02.001 }}</ref> Per questo, l'AFLP è diventata estremamente vantaggiosa nello studio di quei taxa per i quali le informazioni relative al genoma sono limitate, come batter, funghi e piante.

La tecnologia AFLP è sottoposta a brevetti e applicazioni di brevett ida parte di Keygene N.V.