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Le condizioni idrologiche dello Stretto di Messina sono straordinarie, e del tutto peculiari e speciali sono i popolamenti che esso ospita. Infatti, l’intenso idrodinamismo e le caratteristiche chimiche delle acque dello Stretto di Messina sono in grado di condizionare gli organismi che in esso vivono ed, anzi, riescono ad influenzare l’intero assetto biologico dell’ambiente determinando uno straordinario ecosistema, unico nel Mediterraneo per biocenosi, abbondanza di specie e, quindi, lo Stretto di Messina costituisce un fondamentale serbatoio di biodiversità.
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Image:Messina Straits Pilumnus inermis.png|Fig. 13 : Pilumnus inermis presente sulla sella Ganzirri-Punta Pezzo
Image:Messina Straits Laminariales.jpg|Fig. 14 : Laminaria dello Stretto di Messina
Image:Messina Straits Albunea carabus.jpg|Fig. 15 : Albunea carabus proveniente dalla sella Ganzirri-Punta Pezzo
Image:Messina Straits Posidonia Caulerpa Pinna nobilis.JPG|Fig. 16 : Posidonia, Caulerpa e Pinna nobilis lungo la costa siciliana dello Stretto
Image:Messina Straits Pinna nobilis.JPG|Fig. 17 : Pinna nobilis, frequente lungo la costa siciliana dello Stretto
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Le intense ed alterne correnti, la bassa temperatura e l’abbondanza di sali di azoto e fosforo trasportati in superficie dalle acque profonde determinano la disponibilità di una grande quantità di sostanza organica utilizzata sia dagli organismi pelagici sia, soprattutto, dai popolamenti bentonici costieri. Tutto ciò, insieme ai fenomeni associati, determina un vero e proprio ''riarrangiamento ecologico'' che nelle specie a prevalente distribuzione occidentale tende a simulare una condizione di tipo atlantico. Infatti, numerose specie prettamente atlantiche, come ad esempio le laminarie (grandi [[Alga|alghe]] brune), pur se presenti in qualche altra zona del Mar [[Mediterraneo]] solo nello Stretto di Messina riescono a formare comunità ben strutturate formando delle vere ''foreste sottomarine'' a riprova delle ottimali condizioni ambientali.
E’ importante segnalare a questo proposito che sia le laminarie di bassa profondità (''Sacchoryza polyschides''), sia i popolamenti profondi a ''Laminaria ochroleuca'', e le comunità vegetali associate, sono strettamente dipendenti dalle caratteristiche fisiche e biologiche del substrato. Come è noto, infatti, per completare il loro ciclo vitale, questi organismi richiedono un substrato solido già colonizzato da rodoficee calcaree, in assenza delle quali l’insediamento non può avere luogo.
[[Image:Messina Straits ecoscandaglio Ganzirri P Pezzo.JPG|right|thumb|Fig. 18 : Tracciato ecoscandaglio lungo la sella Ganzirri-Punta Pezzo]]
Lo Stretto di Messina, confine fra i due bacini occidentale ed orientale del Mediterraneo, è un punto importante di osservazione dei flussi migratori delle specie che si trovano nei due bacini. In quest’area pervengono o transitano comunità planctoniche, anche di lontana origine sia orientale sia atlantica. Fra le specie bentoniche, di particolare rilevanza è la presenza di Pilumnus inermis, in precedenza considerato esclusivamente atlantico, che rappresenta una delle specie più rilevanti nell’associazione a Errina aspera (idrozoo), noto endemismo dello Stretto di Messina, su cui vive un Mollusco cipreide (Pedicularia sicula), riscontrabile a livello della sella fra 80 e 110 m, ove sono presenti numerose altre specie fra cui l’ofiura ''Ophiactis balli'' ed i crostacei ''Parthenope expansa'' e ''Portunus pelagicus''. Da segnalare ancora il ''dente di cane gigante'' (''Pachylasma giganteum''). Grande importanza biologica ed ecologica è anche da ascrivere alle già citate Laminariales dello Stretto (''Sacchoryza polyschides'' e ''Laminaria ochroleuca''). Infine, sembra doveroso evidenziare sia la presenza di ''Albunea carabus'' e di cospicui insediamenti di ''Pinna nobilis'' sia, per quanto si riferisce invece ai popolamenti vegetali, la presenza di Rodoficee calcaree e di vaste praterie di Posidonia oceanica, ampiamente distribuite per areale e per profondità. Degna di nota, sempre per gli organismi vegetali, è anche la presenza di ''Phyllariopsis brevipes'', ''Phyllariopsis purpurascens'', ''Desmarestia dresnayi'', ''Desmarestia ligulata'', ''Cryptopleura ramosa'' specie che sono da ritenersi di estrema importanza perchè presenti solo in quest’area o in poche altre aree molto ristrette del Mar Mediterraneo.
Dal punto di vista faunistico lo Stretto è considerato da sempre il "paradiso degli zoologi", per l’enorme biodiversità che lo caratterizza. Le specie di invertebrati bentonici sono quelle che destano maggiore interesse. Il fondale è arricchito da una grande varietà di forme e colori dovute all’abbondanza di celenterati (attinie, madrepore e coralli).
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Image:Messina Straits Clavelina lepadiformis.jpg|Fig. 19 : Esemplare di Clavelina sui fondali dello Stretto
Image:Messina Straits Cerianto.jpg|Fig. 20 : Esemplare di Clavelina sui fondali dello Stretto
Image:Messina Straits Alicia mirabilis.jpg|Fig. 21 : Esemplare di Alicia mirabilis che si flette con la corrente dello Stretto
Image:Messina Straits Corallo nero.jpg|Fig. 22 : Il Corallo nero abitatore dei fondali dello Stretto
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Un chiaro esempio sono le “foreste” di gorgonie gialle e rosse (''Paramuricea clavata'') dei fondali di Scilla.
Queste, aderendo al substrato, creano un vero e proprio bosco, ambiente ideale ad ospitare numerose altre specie bentoniche.
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Image:Messina Straits Paramuricea clavata.jpg|Fig. 23 : Esemplare di Paramuricea sui fondali dello Stretto
Image:Messina Straits Zeus faber.jpg|Fig. 24 : Esemplare di Pesce S.Pietro nello Stretto di Messina
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Le specie ittiche sono ben rappresentate da cernie, [[Sarago|saraghi]], [[Dentice|dentici]], castagnole, [[Ricciola|ricciole]] ed in periodo invernale dagli splendidi ''Zeus faber'' (pesce San Pietro).
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Indubbiamente lo Stretto di Messina, trovandosi lungo una delle principali direttrici migratorie del Mar Mediterraneo, è un punto fondamentale di transito per la migrazione di numerose specie. Certamente le più conosciute e rilevanti, da un punto di vista economico ed ambientale, sono i grandi pelagici, cioè [[tonno]] (''Thunnus thynnus''), [[alalunga]] (''Thunnus alalunga''), [[palamita]] (''Sarda sarda''), [[aguglia]] imperiale (''Tetrapturus belone'') ed il [[pescespada]] (''Xiphias gladius'').
Le caratteristiche idrodinamiche e la “ricchezza” dello Stretto determinano il transito in acque superficiali di questi pesci che possono essere catturati con le particolari barche chiamate ''feluche'' o ''passerelle'', attive solo in questa parte del Mediterraneo. Inoltre, solo nello Stretto, pur se con attrezzi diversi, è possibile catturare il tonno in tutto l’arco dell’anno e di tutte le classi d’età (dalle forme giovanili agli organismi adulti) perché sarebbe presente una popolazione stanziale che periodicamente si muove tra i due mari limitrofi: il Tirreno e lo Ionio.
[[Image:Messina Straits Hexanchus griseus.jpg|left|thumb|Fig. 25 : Hexancus griseus]]
Da considerare ancora che lo Stretto è un punto di passaggio obbligato per le migrazioni dei cetacei, probabilmente il più importante nel Mediterraneo in termini di diversità di specie. Degni di segnalazione, oltre a tutte le specie di delfini presenti in Mediterraneo, sono le balenottere e particolarmente i capodogli che attraversano lo Stretto per andare nell’area delle Isole Eolie probabilmente a fini riproduttivi.
Infine, è da evidenziare la presenza di alcuni importanti selacei che migrano attraverso lo Stretto di Messina, quali ''[[Carcharodon carcharias]]'' (squalo bianco) ed ''Hexanchus griseus'')
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