La terza guerra mondiale ha avuto come effetto principale quello di provocare lo smantellamento delle strutture politiche meglio note come "Stati". A governare i cittadini nel mondo di E's sono 12 imprese cresciute a dismisura. Inoltre una nuova "razza" abita la Terra, gli esper, individui in grado di fare cose che i semplici umani non riescono a fare (come per esempio volare o creare scosse elettriche). Gli esper proprio per queste loro capacità furono affidati a una delle 12 imprese, Ashurum, che con la scusa di catturare gli esper che vagano illegalmente per la città, riesce a instaurare un corpo para-militare a cui affida missioni di vario genere. Uno dei membri di questo corpo speciale è Kai Kudo, protagonista della storia, che agli ordini di Eiji Sajimiya (capo di Ashurum) un giorno si reca in missione nella gigantesca e misteriosa città chiamata Gald. Durante la missione Kai Kudo viene ferito gravemente e non riesce più a ritornare ad Ashurum. Viene in seguito soccorso da Asuka Tokugawa, una giovane ragazza, e da suo fratello Yuuki Tokugawa. Nel periodo che trascorre con loro, Kai viene a conoscenza di cose su Ashurum di cui all'interno non non si era mai accorto. A causa di ciò il giovane resta in dubbio se tornare alla base o no. In seguito Kai viene a sapere che il Cardinale Ghibellini, uno degli uomini più influenti della Chiesa, sfrutta giovani esper per i propri loschi fini, e a causa di ciò, Kai, prova a fermare gli intenti del Cardinale (che in seguito diventa Papa). Ma il rapporto che lega il giovane esper a sua sorella Hikaru Kudo è troppo grande: per questo Kai non riesce mai a non pensare a ritornare ad Ashurum. Eiji in seguito porta la piccola Hikaru a Gald per far amplificare i suoi poteri, e questo causa un gran disastro agli abitanti di Gald e alla città stessa.
