[[Taiki Kudō]], un ragazzo di tredici anni, un giorno sente per caso una melodia misteriosa che lo conduce in un misterioso vicolo. Improvvisamente, un leggendario [[DigiViceDigivice]] chiamato [[Digivice#Xros Loader|Xros Loader]] appare davanti ai suoi occhi. Accompagnato dai suoi amici, [[Akari Hinomoto]] e [[Zenjirō Tsurugi]], Taiki viene trasportato a [[Digiworld|Digital World]], il mondo digitale. Qui incontra [[Shoutmon]], abitante del non lontano villaggio dei sorrisi che giorno dopo giorno lotta contro l'esercito di [[Bagramon]] per difendere la propria terra e per diventare il futuro Re dei Digimon. In un momento di difficoltà Taiki avvia il suo Xros Loader e innesca un metodo di unione leggendario: la DigiXros tra Shoutmon e l'amico Ballistamon, che, per mancanza di esperienza, genera un Digimon instabile che si scinde rapidamente nei due Digimon iniziali. Con questo nuovo potere respinge momentaneamente l'esercito nemico e Shoutmon escogita un piano in cui, grazie a Taiki, egli potrà recuperare più facilmente i Code Crown necessari per il suo scopo. Non sapendo come tornare nel mondo degli esseri umani, Taiki accetta. Quella sera stessa Taiki scopre lo scopo di Shoutmon e rifiuta di aiutarlo cercando un modo per tornare a casa, definendolo un sogno egoista. Il giorno dopo Taiki, Akari e Zenjirō vanno via da villaggio dei sorrisi, ma vengono attaccati dall'esercito di Bagramon. Ancora legati agli umani, i Digimon soccorrono Taiki e gli altri, riattivando la DigiXros e sconfiggendo nuovamente l'armata di Bagramon. Allora Shoutmon spiega perché vorrebbe diventare re: proteggere i suoi amici. Scoprendo questa origine generosa del suo sogno, Taiki accetta volontieri.
Taiki e gli altri fanno la conoscenza di Kiriha Aonuma, generale dell'armata Blue Flame. Anche lui sta cercando di recuperare i 108 Code Crown per organizzare Digital World a proprio piacimento. Dopo una certa tensione tra i 2 umani, Kiriha abbandona la scena.