Verso la fine degli [[anni 1990|anni novanta]], si sentì la necessità di riqualificare i trasporti di tutta la zona di Milano. L'opera prevede l'espansione delle [[servizio ferroviario suburbano di Milano|linee suburbane]], l'eliminazione di alcune stazioni, la riqualificazione di altre e la divisione logistica del traffico passeggeri.
Il [[7 giugno]] [[2008]], sull'area dell'ex fascio merci, venne attivato il "ramo Rogoredo" del [[passante ferroviario di Milano|passante ferroviario]]; in seguito a ciò, dal successivo [[15 giugno]] la stazione divenne capolinea delle linee [[linea S1 (servizio ferroviario suburbano di Milano)|S1]], [[linea S2 (servizio ferroviario suburbano di Milano)|S2]], [[linea S6 (servizio ferroviario suburbano di Milano)|S6]] ed [[linea S10 (servizio ferroviario suburbano di Milano)|S10]] del [[Servizio ferroviario suburbano di Milano|servizio ferroviario suburbano]]<ref>''Passante quasi finito'', in "I Treni" n. 306 (luglio 2008), p. 5</ref>.
Con il cambio orario del [[13 dicembre]] [[2009]], la S1 venne prolungata a [[Lodi]] (nelle sole ore di morbida), mentre la S6 abbandonò il capolinea di Milano Rogoredo, sostituito da quello di [[Pioltello]]<ref>''Linee S in crescita'', in "I Treni" n. 322 (gennaio 2010), p. 8</ref>.
Dal 3 Settembre 2012 apre in stazione il FrecciaClub di Trenitalia offrendo ai clienti delle Frecce( direzione Napoli o Torino) la possibilità di aspettare il treno in un sala d'attesa accogliente, confortevole ed elegante.
