Il [[18 luglio]] [[2012]] passa in prestito con diritto di riscatto alla società [[italia]]na dell'[[Atalanta Bergamasca Calcio|Atalanta]],<ref>[http://www.tuttoatalanta.com/?action=read&idnotizia=13034 Esclusiva TA - Ecco le modalità dell'arrivo di Parra all'Atalanta] Tuttoatalanta.com</ref> in [[Serie A 2012-2013|Serie A]]<ref>[http://www.fantagazzetta.com/approfondimenti/i-flop-del-calciomercato-nella-serie-a-169419] Fantagazzetta.com - I flop del calciomercato</ref>. Il [[26 agosto]] [[2012]] debutta nella massima serie italiana subentrando a [[Giacomo Bonaventura]] nella partita persa per 1-0 contro la Lazio.
Il [[28 novembre]] [[2012]] segna la sua prima doppietta durante la partita di [[Coppa Italia]] vinta per 3-1 contro il [[Cesena]]. Dopo diverse partite giocate subentrando dalla panchina, il [[27 gennaio]] [[2013]] gioca la sua prima partita da titolare in Serie A contro il [[Milan]]. Chiude la stagione con 14 presenze senza gol in campionato e 2 presenze con 2 gol in Coppa Italia.
