La compagnia è stata fondata nel [[ottobre]] [[1981]] per la promozione di un sistema rapido di trasporto aereo per i pacchi e altri servizi che utilizzano piccoli aerei e aeroporti. Ha iniziato le operazioni nel [[1982]], essendo la prima compagnia aerea italiana a iniziare i voli cargo durante la notte. Dal [[settembre]] [[1988]] ha svolto e svolge attività di trasporto merci per conto di clienti quali [[FedEx]], [[United Parcel Service|UPS]], DHL, servizi postali italiani, francesi, inglesi e svedesi oltre a diversi clienti privati. Ha 85 dipendenti (a [[marzo]] [[2013]]).
MiniLiner svolge, presso la propria base di Orio al Serio, manutenzione di aeromobili per conto proprio e di terzi.