I {{nihongo|'''Jonin'''|上忍|Jōnin|lett. ninja di alto livello}} sono ninja di eccezionale abilità e il loro divario dai chuninChunin è notevole. Alcuni joninJonin preferiscono specializzarsi in determinate arti, come [[Gai Maito]], che combatteutilizza conquasi esclusivamente le arti marziali, eo [[Kurenai Yuhi]], che combatte preferibilmente con le arti illusorie. Altri, come [[Kakashi Hatake]], padroneggiano alla perfezione tutte e tre le arti fondamentali. Sono inviati spesso nelle missioni di livello A, ma anche in quelle di livello S, ovvero le più complesse e pericolose.<ref name="missioni">"Naruto" capitolo 9</ref> Alcuni vengono assegnati un team a quattro con tre Genin, a fare da maestri.<ref>"Naruto" capitolo 3 e capitolo 4</ref> Si diventa Jonin tramite promozione.<ref>"Naruto" capitolo 239</ref>
