Matthias Ginter inizia la sua carriera nel [[20031998]] quando viene acquistato dal [[SV March|March]], per militare nelle varie divisioni giovanili del club. Due anni più tardi viene acquistato dal [[Sport-Club Freiburg|Friburgo]] dove, milita dal [[2005]] al [[2012]], nella varie formazioni giovanili. Il suo debutto ufficiale in prima squadra arriva il 21 gennaio durante il match di campionato tenutosi contro l'[[Fußball-Club Augsburg 1907|Augusta]]; in quell'occasione realizza anche la sua prima rete, da calciatore professionista, in carriera<ref>{{Cita web|url=http://it.soccerway.com/matches/2012/01/21/germany/bundesliga/sc-freiburg/fc-augsburg/1121951/|titolo=Freiburg vs. Augusta 1 - 0|autore=|editore=soccerway.com|lingua=|accesso=5 aprile 2012}}</ref>. Durante il match successivo di campionato giocato contro il [[1. Fußball- und Sportverein Mainz 05|Mainz]], rimedia la sua prima ammonizione in carriera<ref>{{Cita web|url=http://it.soccerway.com/matches/2012/01/29/germany/bundesliga/1-fsv-mainz-05/sc-freiburg/1122102/|titolo=1. FSV Mainz 05 vs. Freiburg 3 - 1|autore=|editore=soccerway.com|lingua=|accesso=5 aprile 2012}}</ref>.
