Il 20 luglio [[1944]], arrivò presso la sede del [[Wolfsschanze]] di [[Rastenburg]], nella [[Prussia]] orientale]], per una conferenza, presieduta da Hitler. Con l'assistenza del maggiore John Ernst von Freyend, il colonnello von Stauffenberg mise una valigetta, contenente una bomba, ai piedi di Brandt, il più vicino possibile a Hitler. Stauffenberg. quindi, con una scusa, lasciò la stanza. Poco dopo, Brandt, nel tentativo di vedere meglio la mappa sul tavolo, trovò la valigetta e la mise dall'altro lato della gamba del tavolo. Sette minuti dopo, la bomba esplose e le ferite gli causarono l'amputazione di netto di una gamba.<ref name=Nemesis>{{Cita libro|data=2000|autore=[[Ian Kershaw]]|id=ISBN 0-393-32252-1|titolo=Hitler 1936-1945: Nemesis|editore=Penguin Press}}</ref> Mentre lo trasportavano in ospedale, ormai in fin di vita, ebbe ancora l'animo di dire di avere avuto fortuna «perché quel piede gli faceva sempre male….»
Brandt morì il giorno successivo,<ref name=Nemesis /> dopo un intervento chirurgico, nell'ospedale di Rastenburg, e venne promosso postumo Maggiore Generale da Hitler. Il Generale Guderian, che tenne il discorso funebre, disse, fra l'altro, «con dolore orgoglioso l'Esercito abbassa le insegne della sua Bandiera di Combattimento di fronte al Maggiore Generale Heinz Brandt».
