Risvegliatosi dal coma all'arrivo della messia [[Hope Summers]] su Utopia, Magneto non assistette al funerale di [[Nightcrawler]] perché ricoverato in infermeria. Ripresosi abbastanza, partecipò allo scontro con i Nimrod provenienti dal futuro impegnati a distruggere l'isola riuscendo così a difendere gli altri degenti.
=== Avengers vs X-Men ===
Con il ritorno dell'entità Fenice sulla Terra per possedere Hope Summers, Magneto fu tra gli X-Men che impegnarono da subito i Vendicatori, scontrandosi con Iron Man; quando i Vendicatori usarono un congegno per distruggere Fenice, che però fallì dividendo la sua energia tra 5 mutanti (Ciclope, Emma Frost, Namor, Colosso e Magik), Magneto fu inizialmente contento della creazione di Utopia, ma vide molto presto che Ciclope stava seguendo la sua stessa strada; sollecitato dalla richiesta di Xavier (e convinto definitivamente dalla sua morte per mano di Ciclope), passò con gli altri X-Men dalla parte dei Vendicatori contro i Cinque Fenice. Sconfitto Ciclope, Magneto trovò il modo di comunicare con lui tramite una manciata di minerale ferroso che Ciclope nasondeva in un calzino; insieme a Psylocke ed altri, Magneto lo fece evadere e essi crearono una nuova formazione di X-Men, in un mondo in cui i mutanti stavano riaffacciandosi a causa del potere di Fenice: un mondo in cui i mutanti erano temuti ed odiati, come agli inizi.
