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Si articola nelle sedi di:
'''Antropologia
La biblioteca ebbe origine per opera di Paolo Mantegazza nel 1871; si arricchì ben presto di donazioni di istituti scientifici e con il contributo della Società italiana di antropologia ed etnologia, ufficializzato poi dal 1985 da un contratto di comodato. Conserva anche il Fondo del Museo nazionale di antropologia fondato dallo stesso Mantegazza nel 1870-1871. Dal 1986 una convenzione ha permesso di conservare anche i volumi della Societa' italiana di ecologia umana. La biblioteca ha iniziato l'automazione del catalogo nel gennaio 1996, e quindi i dati catalografici relativi alle opere acquisite successivamente a questa data sono reperibili esclusivamente nel catalogo in linea, mentre per i documenti posseduti anteriormente al 1996, dato che non tutti sono stati inseriti nel catalogo elettronico, la ricerca va eseguita anche sugli schedari cartacei. Complessivamente la collezione è costituita da: '''12.000 libri''' e '''943 '''periodici, di cui '''89''' in continuazione, alcuni disponibili online.
Astronomia;
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Comprende quattordici incunaboli, duecentocinquanta cinquecentine, più di millecinquecento seicentine, circa seimila volumi del XVIII secolo e pregiati atlanti anatomici di grande formato, oltre ad una ricca collezione di periodici scientifici dell'Ottocento; i volumi a stampa annoverati come antichi e rari sono in tutto all'incirca 74.000. Tale fondo si è costituito intorno ad un primo nucleo di libri raccolto nel 1679 nell'Arcispedale di Santa Maria Nuova; nel tempo fu arricchito di successive donazioni di antichi medici e professori di medicina, molti dei quali lasciarono in eredità alla Biblioteca anche i loro manoscritti: nasce così l'archivio della Biblioteca Biomedica, che annovera migliaia di carte manoscritte, in gran parte inventariate a cura della Soprintendenza archivistica per la Toscana e di recente valorizzate da mostre e interventi di digitalizzazione. È possibile infatti consultare online la versione digitalizzata delle Effemeridi di Antonio Cocchi<ref>http://www.sba.unifi.it/CMpro-v-p-466.html</ref>.
=== Fondo del Museo nazionale di antropologia ===
===Fondo D'Arbela===
Fondo costituito dalle opere di [[Alfredo D'Arbela]] donate nel 1978 e composto da 80 volumi e tre scatole (1910-1960) di fascicoli, disegni tecnici ed eliocopie riguardanti l'ingegneria ferroviaria (ponti, strade ferrate) e la meccanica ferroviaria (locomotori).
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