La principale caratteristica distintiva del Fermanagh è la notevole presenza di acqua, caratteristica che condivide con le vicine contee di Leitrim e Cavan con cui forma il cosiddetto ''Lake District'' d'Irlanda. Numerosi sono i detti scherzosi su queste contee<ref>In particolare in Leitrim e Cavan che la terra si venda a galloni piuttosto che ad acri</ref>: nel Fermanagh si suole dire che in estate il Lough Erne è in Fermanagh ed in inverno il Fermanagh è nel Lough Erne. Gran parte della nomea della contea è dovuta infatti alla presenza del bacino dell'[[Erne (fiume)|Erne]], uno dei fiumi più importanti d'Irlanda che nasce nel Cavan e attraversa longitudinalmente il territorio della contea uscendone a nord-ovest per sfociare a [[Ballyshannon]], in Donegal. Nel suo percorso l'Erne, che è ampiamente navigabile, forma un vasto sistema di laghi, in particolare il [[Lough Erne]], diviso in Upper e Lower. Il fiume a [[Belleek]] forma una pregevole cascata ottima per la pesca al salmone. I numerosi loughs della contea sono apprezzati per il numero di trote e lucci di notevoli dimensioni.
