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京都市と[[北近畿]]方面とを結ぶ[[特別急行列車|特急]]のほか、[[快速列車|快速]]・[[各駅停車|普通]]が運転されている。1996年3月15日までは[[急行列車|急行]]も運転されていた。
 
特急をのぞくと1時間に4本程度の運転で、2010年3月の複線化事業の完了により日中は20分間隔(快速をのぞく)の[[パターンダイヤ]]となったが、2017年3月に嵯峨嵐山発着の普通列車が設定されたことにより、京都駅 - 嵯峨嵐山間は15分間隔(快速をのぞく)のパターンダイヤとなった。
 
葉シーズンを中心に、京都駅 - 嵯峨嵐山駅間に[[臨時列車]]が運転されているほか、定期列車の増結も行われる。かつては、京都駅で[[スイッチバック]]または、[[丹波口駅]]から[[東海道本線]]の支線である山陰連絡線を利用して、大阪方面との間に臨時[[新快速]]が運転されていたことがあった(「[[#大阪方面からの臨時列車|大阪方面からの臨時列車]]」を参照)。近畿地方交通審議会では、山陰連絡線を活用して大阪方面との相互直通運転案を検討した<ref>{{PDFlink|[http://wwwtb.mlit.go.jp/kinki/shingi/pdf/8-5-2.pdf 第8回近畿地方交通審議会資料 別紙1『京阪神圏において、既存施設の改良に関し検討すべき主な事業』]}} - 国土交通省近畿運輸局近畿地方交通審議会 2004年</ref>が、この山陰連絡線は2016年2月をもって廃止された。
 
[[日本国有鉄道]](国鉄)の時代は汽車ダイヤであり、長距離特急や長距離[[普通列車]]を中心に運行され、京都近郊の日常的な需要に対してはほとんど考慮されていなかった<ref>それでも、[[国鉄キハ40系気動車 (2代)|キハ47形]]を最大10両連結するなど、ラッシュアワーについては一定の対策がとられていた。一方で1970年代には、たとえば[[花園駅 (京都府)|花園駅]]・丹波口駅といった特急の停車しない駅の場合、日中で3時間列車が発着しなかった。</ref>。