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: ZOTTとは、優勝者に独立国家権を与えるという大会だが、大国である金星共和国と木星系連邦しか優勝したことがなく、現在の目的は大国の威信を示すための模擬戦争、そして不穏分子を排除であった。
: 第1回戦では子供達を救っている「星の保育園協会」の代表チーム「ガントロール」とぶつかったガリィたち「宇宙天使隊(スペースエンジェルス)」。ガリィは大将であるカエルラとの戦いで、200年前に彼女に敗北した記憶を思い出す。それを知り運命を感じたカエルラはわざと敗北し、ガリィはメルキゼデクのキープログラム「ファタモルガーナ」を託される。
: 第2回戦の「星船教団(スターシップ・カルト)」とゼクスたちが戦っている最中、端末機器として復活した通称ポタ・ノヴァと共に、イェールに潜入を試みるガリィだったが、徐々に過去の記憶が蘇える。さらにかつての教官ツァイクロウが現れ、200年前にガリィがメルキゼデクへの破壊工作「マオヴルフ作戦」のためイェールに侵入したこと、その結果のちに「カムランの惨劇」と呼ばれる複数の宇宙コロニーが破壊されたこと、ガリィがカエルラに敗北し証拠が残ったことで機甲術門・グリューンタールが解体されたことが明かされる。事実を思い出し愕然としつつも、ツァイクを倒しイェール中央コアへとたどり着いたガリィは、ネットワークへと侵入し、そのなかに残された「マーリン」過去の歴史を垣間見ることになる。
; 文明復興編
: e.s.55年、太陽面爆発によって地球の電子機器が麻痺し、さらに小惑星の衝突によって「衝突の冬(インパクト・ウィンター)」が訪れた地球。当時ヴィルマと名乗っていたカエルラと、その夫であり同じ「血族(コグニート)」を率いるヴィクターと共に、雪に閉ざされた世界を旅していた。ある時、地下シェルターで暮らす人間のコミュニティを率いるコリン・ファレルとその息子のジョンと出会い、人類との共存を考えるようになる。しかし、彼らの裏切りに会ったヴィクターはジョン以外の人間を虐殺してしまう。さらに時が経ち今度はジョンの孫であるアーサーと出会う。彼らは小惑星衝突を予知した量子脳シミュレーター「マーリン」の復元を試みており、再び人類との共存を模索するヴィルマだったが、それを知ったヴィクターはアーサーの許嫁のハルカを殺害してしまう。人類を救うためヴィクターとの決別を決めたヴィルマは、死闘の末勝利するが、直後に長い眠りにつく。
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: しかし、ZOTTの会場「オニオン・フレーム」がイェールから分離し、月衝突コースに入ってしまう。ガリィは全能力を使って衝突を回避するが、ガリィの姿は消えていた。
; 地上編
: 時は遡り、ガリィを探すフォギアは、ゼクスと対峙し右手を失う。自らの記憶を消し町医者となったイドと出会い治療を受けるが、ノヴァの信奉者であるリベットの妄言によって「イドの正体はノヴァ」という噂が広まり、ノヴァを恨む者達によって町は戦場となる。原子炉SLのメルトダウンという結末のスケープゴートとして処刑されそうになるも、イドの世話になった人々の助けによって町を脱出した2人は、道中でガリィが宇宙で戦っていることを知る。たどり着いたくず鉄町でケイオス達と出会い、彼らとともにザレムにたどり着く。しかし、そこではノヴァ・Xが彼らの命をかけたゲームをケイオス挑んでくる。しかし、ノヴァの劣化クローンであるデコイ・ノヴァの手を借りたイドが、ノヴァ・Xが二度と復活しないように冷凍保存させ全員を救出。原子スープに還元されていたザレムの人々も復活させるとイェールへと向かうが、そこはイェール人の暴動を鎮圧したロボットとそのロボットたちを支配する王・ヘカトン(デッキマン100号)の独裁が行われていた。イドやケイオスたちと分断されたフォギアとコヨミはイエール脱出を画策していたレム・レイやヤニの協力を得て復活したゼクスと共に独裁を終了させる。100号が独裁に走ったのはインキュベーターに収容されたガリィを含むザレム人の脳が証拠隠滅のため極秘裏に処分されそうだったからであった。
: フォギアはPボックス内のルゥの脳から彼女の再生に成功、同様にインキュベーターの中から救出されたガリィの脳から彼女も再生する。生身の肉体を手に入れたガリィはフォギアと再会を果たす。
 
: そして、今の自分では果たせないフォギアとの再会の約束を、もうひとりの自分に託した脳チップのガリィは、火星のどこかに立っていた。