La storia degli si svolge nell'anno 228 del "Calendario imperiale" eurpeoeuropeo (corrispondente al 2017 del calendario imperiale) a cavallo fra la prima e la seconda serie, quando il Giappone comincia ad accusare colpi dopo la sparizione e la presunta morte di Zero, alter ego di Lelouch a capo dei Cavalieri Neri. La trama prende piede nella superpotenza {{nihongo|Unione delle Repubbliche di Europia|ユーロピア共和国連合|Yūropia Kyōwakoku Rengō}}, la quale, soverchiata dall'aggressiva campagna militare del Sacro Impero di Britannia, spera di cambiare le sorti della guerra formando una speciale divisione conosciuta come “wZERO″, nella quale milita un promettente pilota di Knightmare Frame, Akito Hyūga. Altro personaggio rilevante sarà Leila Malkal, ex aristocratica britanna votatasi alla causa dell'E.U., la quale capeggia il gruppo di ribelli {{nihongo|“Wyvern”|ワイバーン|Waibān}}, composto da giovani giapponesi. I Wyvern si lanciano incautamente sul campo di battaglia, dove le possibilità di sopravvivenza sono incredibilmente scarse. Loro combattono per la propria libertà e per una "casa" in cui tornare.
