La sindrome di Down aumenta il rischio di incorrere nella [[malattia di Hirschsprung]], dovuta alla mancanza di [[neurone|cellule nervose]] che controllano la funzione di parti del [[colon]].<ref>{{Cita pubblicazione | cognome = Ikeda | nome = K |cognome2= Goto |nome2= S | titolo = Additional anomalies in Hirschsprung's disease: an analysis based on the nationwide survey in Japan | rivista = Zeitschrift fur Kinderchirurgie: organ der Deutschen, der Schweizerischen und der Osterreichischen Gesellschaft fur Kinderchirurgie = Surgery in infancy and childhood | volume = 41 |numero = 5 | pagine = 279–81 | anno = 1986 | pmid = 2947399 | doi = 10.1055/s-2008-1043359|lingua = inglese }}</ref> Altre anomalie congenite che si verificano più frequentemente includono [[atresia duodenale]],la [[stenosi ipertrofica del piloro]], l'[[atresia duodenale]] e [[atresia anale|quella anale]]. La [[malattia da reflusso gastroesofageo]] e la [[celiachia]] sono inoltre più comuni tra le persone con sindrome di Down.<ref>{{Cita pubblicazione | cognome = Zachor |nome = DA |cognome2= Mroczek-Musulman |nome2= E |cognome3= Brown |nome3= P | titolo = Prevalence of celiac disease in Down syndrome in the United States | rivista = Journal of pediatric gastroenterology and nutrition | volume = 31 | numero = 3 | pagine = 275–79 | anno = 2000 |pmid= 10997372 | doi = 10.1097/00005176-200009000-00014|lingua = inglese }}</ref>
