La pefloxacina è controindicata nei soggetti con [[ipersensibilità]] nota al [[principio attivo]], ad altri fluorchinoloni oppure ad uno qualsiasi degli [[eccipienti]] contenuti nella formulazione farmacologica. È inoltre controindicata nei pazienti affetti da insufficienza di [[glucosio 6–fosfato-6-fosfato deidrogenasi]] oltre che nei soggetti in età pediatrica o adolescenti ancora in fase di crescita per il rischio di insorgenza di severe forme di artropatia, in particolare a carico delle grandi articolazioni. Come altri fluorchinoloni la pefloxacina non deve essere assunta da soggetti epilettici e da coloro che presentano alterazioni del [[sistema nervoso centrale]] (ad esempio pregressi traumi cranici o cerebrali, pregresse [[encefaliti]] o [[meningiti]], [[ictus cerebrale]]), che possono determinare un abbassamento della soglia convulsiva. Nei pazienti affetti da nefropatie il dosaggio deve essere diminuito.
Nei pazienti affetti da nefropatie il dosaggio deve essere diminuito.
