La compagnia è stata fondata nel nell'ottobre [[1981]] per la promozione di un sistema rapido di trasporto aereo per i pacchi e altri servizi che utilizzano piccoli aerei e aeroporti. Ha iniziato le operazioni nel [[1982]], essendo la prima compagnia aerea italiana a iniziare i voli cargo durante la notte. Dal settembre [[1988]] ha svolto e svolge attività di trasporto merci per conto di clienti quali [[FedEx]], [[United Parcel Service|UPS]], DHL, servizi postali italiani, francesi, inglesi e svedesi oltre a diversi clienti privati. Ha 85 dipendenti (a marzo [[2013]]).
MiniLiner svolge, presso la propria base di Orio al Serio, manutenzione di aeromobili per conto proprio e di terzi.
