Annunciato ad inzioinizio [[1989]] e rilasciato durante il mese di luglio dello stesso anno, l<nowiki>'</nowiki>'''''Apple IIGS System Software 5.0''''' migliorava principalmente la velocità del sistema grazie ad una revisione completa del suo codice. Integrava anche un nuovo driver per le unità [[SCSI]], che si sostituiva al [[firmware]] della scheda di espansione ''Apple II SCSI card'', ed un differente sistema di lettura dei [[floppy disk]] a 3,5" che riduceva drasticamente il tempo di caricamento dei dati. Nel System Software 5.0 veniva introdotto anche il ''Control Panel'', un luogo unificato dove impostare alcune regolazioni del sistema.<ref name=history/>
