Gli arrestati furono tradotti al carcere di Tor di Nona e immediatamente posti sotto [[processo]]. I primi interrogatori furono condotti dal procuratore fiscale Giovambattista Bizzoni:, percui poi subentrò il governatore [[Alessandro Pallantieri]]. Per primo fu ascoltato il cavalier Pelliccione. Costui, [[Pavia|pavese]] d'origine, si era trasferito a Roma dopo essere stato bandito dalla [[Repubblica di Venezia]] per aver coniato [[denaro falso]]; nella capitale pontificia dichiarava di essere discendente della famiglia [[Lusignano]] e si era stabilito nella zona di [[ponte Sisto]], frequentando abitualmente [[astrologi]] ed [[esorcisti]]. Nella capitale pontificia aveva conosciuto il conte AntonioTaddeo CanossaManfredi, che gli aveva parlato delle sue mire sulla valle del [[Lamone]], antico feudo della sua famiglia, ove vagheggiava di provocare una [[sommossa]] e, una volta postosi a capo dell'esercito dei rivoltosi, prendere il mare e attaccare [[Venezia]]. Contestualmente, nel 1560, il Pelliccione aveva conosciuto Benedetto Accolti, da lui definito ''figlio bastardo del cardinale d'Ancona''; nella deposizione affermò di essersi lasciato attirare dai discorsi di quest'ultimo, evocanti la necessità di una ''liberatione de Italia'' e ''revolutione della Chiesa'' passante attraverso l'uccisione di Pio IV, che a detta di Benedetto ''non era il vero papa'' e avrebbe pertanto dovuto essere eliminato per far spazio a un ''papa vero e santo''.
Taddeo Manfredi confermò quanto detto dal Pelliccione: Benedetto Accolti li aveva convinti che vi fosse un altro papa, descritto come un vecchio dalla lunga barba ormai in procinto di giungere con gran pompa a Roma, e che pertanto fosse necessario "fargli spazio" uccidendo Pio IV.
Da tali deposizioni emerse con evidenza la figura di Benedetto Accolti, sedicente depositario di una verità superiore e incaricato di realizzarla, quale ideatore e anima del progetto criminale. Effettivamente il rampollo del cardinale Pietro era un personaggio singolare: fisicamente brutto e sgraziato, era un abilissimo oratore, erudito delle [[Sacre Scritture]] e della [[cultura classica]]
