Charmy ede ila Chaotix lavorano ad una nuova missione in Shadow the Hedgehog. Compaiono nella cutscene prima del livello Mad Matrix, ma Charmy copie una parte notevole nel livello Prison Island come personaggio partner. Quando Shadow the Hedgehog arriva sull'isola, trova Charmy che gli spiega che Vector gli aveva chiesto di trovare cinque dischi top secret dei GUN. Il giocatore può scegliere se aiutarlo o no nella ricerca dei dischi. A differenza degli altri personaggi partner del gioco, Charmy non può essere controllato con un secondo controller nelle versioni GameCube e Playstation 2. Nella Last Story, Charmy inavvertitamente salva la Terra quando utilizza il suo pungiglione contro un computer a bordo della Colonia Spaziale ARK dove stava aiutando Espio e Vector a hackerare un computer. Facendo questo, Charmy attiva un video che permette a Shadow di rompere il controllo mentale di Black Doom.
