Durante la [[Seconda Guerra Civile Sudanese]], la zona del fiume fu teatro di scontri tra le forze armate del [[Sudan]] e del [[Sudan Meridionale]]. Nei primi [[Anni 1980|anni ottanta]] molte persone hanno sofferto la siccità e la perdita del raccolto agricolo. Siccome molte persone, compresi quelli di etnia Baggara, dovettero traslocare verso le zone più fertili del meridione, esse incominciarono a venire in conflitto con quelle di etnia [[Dinca]]. Allora i Baggara, aiutati dalle forze militari [[Sudan]]esi (arabe) cercarono di far breccia nelle linee nemiche dell'[[Esercito Sudanese di Liberazione Popolaredel Popolo di Sudan]] (le forze armate del [[Sudan Meridionale]], cristiano). Le milizie Baggara, conosciute con il nome di "murahileen",<ref>{{Cita libro |cognome= Cohen |nome= Roberta |titolo= The Forsaken People: Case Studies of the Internally Displaced |anno= 1998 |editore= Brookings Institution Press |ISBN= 0-8157-1513-7 |pagine= 144}}; online at [http://books.google.com/books?id=hEAK9vLEcjYC Google Books]</ref> hanno dato guerra all'[[Esercito Sudanese di Liberazione Popolaredel Popolo di Sudan]] per gran parte degli anni ottanta. Verso la fine degli anni ottanta la zona attraversata dal fiume Bahr al-Arab era stata per la gran parte devastata e la sua popolazione decimata<ref>{{Cita libro |cognome= Burr |nome= Millard |coautori= Robert O. Collins |titolo= Requiem for the Sudan: War, Drought, and Disaster Relief on the Nile |anno= 1995 |editore= Westview Press |ISBN= 0-8133-2121-2 |pagine= 17–19, 81}}; online at [http://books.google.com/books?id=3ARVU8TdWCQC Google Books]</ref>.
