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Il nucleo scientifico più importante è costituito dalle raccolte dell'[[Imperial Regio Museo di Fisica e storia naturale]], fondato da [[Pietro Leopoldo di Lorena]] nel 1775, che conteneva una ricca raccolta di macchine e di strumenti tecnico-scientifici, tra cui le meravigliose macchine di [[Galileo]] (che oggi si trovano al [[Museo di storia della scienza]]) e vi era annesso un osservatorio astronomico ([[La Specola]]), nome poi rimasto al Museo zoologico. Nel 1859 nacque l''''Istituto di studi superiori, pratici e di perfezionamento''' '''di Firenze''', composto di quattro sezioni (poi ridotte a tre, con lo spostamento a Pisa della sezione di Studi legali); le sezioni di Scienze Naturali, Medicina e Chirurgia, Filosofia e Filologia. Le prime due ereditavano le raccolte del museo scientifico leopoldino, rispettivamente, e dell'antico Arcispedale di Santa Maria Nuova; nella la terza approdarono libri scientifici palatini e granducali e libri scientifici di altra provenienza. Con la nascita dell'Istituto di Studi superiori e delle quattro sezioni, si avviò lo smembramento di collezioni in cui in precedenza strumenti, apparati e libri erano fusi in unità armonica. I libri furono raccolti nelle '''biblioteche''' che via via venivano creandosi intorno alle rispettive discipline e Facoltà; invece gli oggetti e gli strumenti, considerati testimonianze ormai statiche di una passata stagione di esperimenti, venivano affidati alla funzione più conservativa e meno d'uso dei '''musei''' universitari.

Il 10 ottobre 1924 l'Istituto di studi superiori si trasformò nell'''' [[Università degli studi di Firenze]];''' le tre originarie '''<nowiki/>''' Facoltà screbberocrebbero a 10 per divenire poi 12. Da febbraio 2013 le Facoltà sono soppresse e l'attività didattica dell'Università è coordinata da dieci Scuole, costituite ognuna da due o più Dipartimenti. La frammentazione fisica delle biblioteche e delle collezioni restò negli anni quella che la storia aveva prefigurato.

Nel 1995 viene costituito Il Sistema Bibliotecario di Ateneo '''1995''' per gestire in modo centralizzato e omogeneo biblioteche in precedenza autonome<ref>Per una sintesi sui passaggi che hanno portato alla formazione dello SBA e alla sua attuale organizzazione si veda {{cita conferenza|nome=Chiara|cognome=Melani|capitolo=L’esperienza del Sistema Bibliotecario dell’Ateneo fiorentino e l’indagine sulla soddisfazione dell’utenza|titolo=Dalla misurazione dei servizi alla customer satisfaction|editore=FUP|url=http://www.fupress.com/archivio/pdf/4399.pdf|città=Firenze|data=2004|accesso=14 luglio 2014|pp=11-15}}</ref> per gestire in modo centralizzato e omogeneo biblioteche in precedenza autonome.

Tuttavia nel 1995 la nascita dello '''SBA''' resuscitò, d'intesa con l'organizzazione generale dell'Ateneo in grandi settori disciplinari, le quattro grandi partizioni dell'Istituto di studi superiori. Vennero istituite, analogamente, un'area '''Biomedica''', un'area '''Scientifica''', un'area '''Giuridica''' (oggi detta delle Scienze sociali), un'area '''Umanistica'''. Si aggiunse un'area '''Tecnologica''', comprendente le Facoltà di Architettura, Ingegneria e Agraria, che precedentemente era stata assorbita nella sezione scientifica dell'Istituto. Anche le biblioteche dunque, numerose per tradizione storica e anche per il continuo aggregarsi, dividersi, riaggregarsi al seguito delle Facoltà e degli Istituti, sono confluite in queste cinque grandi aree disciplinari.