The nave is covered by a barrel vault and separated from the presbytery by a depressed arch with Jesus's monogram in the center,<ref name=":0" /> and floral motifs at the sides. The left aisle leads to the sacristy, used as a women's gallery in the past and accessible directly from the Villa. After some restoration, there were found five niches with murals of faux marble friezes and with archways decorated with golden stars. These niches contain two wooden statues of the Virgin and Child and St. Joseph, a crown and a scepter with the palms of martyrdom in reference to saints and martyrs.<ref>{{Cita web|autore = |url = http://www.visitbrianza.it/index.phtml?Id_VMenu=470&daabstract=923|titolo = Brugherio - Chiesa di S. Anna in San Damiano|accesso = 18/04/2015|editore = |data = }}</ref> There are also paintings depicting the Stations of the Cross and two paintings of the Madonna, St. Anne and St. Joachim on the right and the Saints Cosmas and Damian on the left. The restoration of the main door<ref name=":2">{{Cita web|autore = |url = http://www.ilrestauro.biz/restauri/chiesa/porte/porte.html|titolo = Interventi nella Chiesa di Sant'Anna in San Damiano a Brugherio (MI) eseguiti sotto la tutela delle Belle Arti|accesso = |editore = |data = }}</ref>, windows and furniture<ref name=":2" /> was carried out under the protectionsupervision of Belle Arti.
La pianta della chiesa è caratterizzata da una [[navata]] principale, coperta da una [[volta a botte]], distaccata dal [[presbiterio]] tramite un [[arco (architettura)|arco]] a [[sesto ribassato]] decorato con motivi floreali, al centro del quale è raffigurato il monogramma di Gesù<ref name=":0" />. A sinistra, una navata amplia la pianta conducendo alla [[sagrestia]], spazio dedicato, in passato, al [[matroneo]] (dove si raccoglievano in preghiera le nobildonne) raggiungibile direttamente dalla villa. In seguito ad alcuni interventi di restauro all'interno della chiesa, sono state riportate in luce cinque nicchie ornate con decorazioni pittoriche "a fresco", raffiguranti finti marmi e fregi architettonici, che sembrano trasformarle in veri e propri [[altari]]<ref>{{Cita web|autore = |url = http://www.visitbrianza.it/index.phtml?Id_VMenu=470&daabstract=923|titolo = Brugherio - Chiesa di S. Anna in San Damiano|accesso = 18/04/2015|editore = |data = }}</ref>, dedicati alle figure che queste ospitavano. Due [[nicchie]], poste una di fronte all'altra, contengono le [[statua|statue]] lignee raffiguranti la [[Madonna col Bambino|Vergine con il bambino]] e [[San Giuseppe]]. Altre due nicchie sono ornate da una corona con uno scettro a destra, e le palme del martirio a sinistra, quindi erano dedicate ad altri santi e martiri. Ciascuna nicchia presenta al suo interno una [[volta (architettura)|volta]] celeste decorata da stelle dorate. Sono presenti inoltre i [[dipinto|dipinti]] raffiguranti la [[Via Crucis]] e due tele che rappresentano la ''[[Maria (madre di Gesù)|Madonna]]'', ''sant'Anna e [[san Gioacchino]]'' a destra e i ''santi [[Cosma e Damiano]]'' a sinistra. Sotto la tutela delle [[Soprintendenze#Lombardia|Belle Arti]] sono stati eseguiti interventi di restauro che hanno interessato il portone principale, riportandolo all'attuale splendore<ref name=":2">{{Cita web|autore = |url = http://www.ilrestauro.biz/restauri/chiesa/porte/porte.html|titolo = Interventi nella Chiesa di Sant'Anna in San Damiano a Brugherio (MI) eseguiti sotto la tutela delle Belle Arti|accesso = |editore = |data = }}</ref>; il recupero delle [[porta|porte]], delle [[finestra|finestre]] e degli elementi d'arredo quali [[panca|panche]] e un armadio posto nella sacrestia<ref name=":2" />.
