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Il rinoceronte di Giava è più piccolo del rinoceronte indiano, ed è simile per dimensioni al rinoceronte nero. È l'animale più grande di Giava e il secondo animale più grande dell'Indonesia dopo l'[[Elephas maximus|elefante asiatico]]. La lunghezza del corpo del rinoceronte di Giava (testa compresa) può raggiungere i 2-4 m, e l'altezza gli 1,4-1,7 m. Il peso degli adulti viene variamente indicato tra i 900 e i 2300 kg, ma uno studio per raccogliere misure accurate degli animali non è mai stato condotto e non costituisce una priorità a causa del loro estremo stato di conservazione<ref name="arkive">[http://www.arkive.org/javan-rhinoceros/rhinoceros-sondaicus/ images and movies of the Javan Rhinoceros ''(Rhinoceros sondaicus)''], ARKive</ref>. Maschi e femmine non presentano sostanziali [[Dimorfismo sessuale|differenze di dimensioni]], ma queste ultime sembrano essere leggermente più piccole. In base agli studi effettuati su testimonianze fotografiche e sull'analisi delle impronte, sembrerebbe che i rinoceronti del Vietnam fossero stati relativamente più piccoli di quelli di Giava<ref name="van Strien">{{cita libro|autore=Nico van Strien|anno=2005|capitolo=Javan Rhinoceros|pagine=75-79|titolo=Save the rhinos: EAZA Rhino Campaign 2005/6|città=London|editore=[[European Association of Zoos and Aquaria]]}}</ref>.

Come il rinoceronte indiano, il rinoceronte di Giava ha un unico corno (le altre specie esistenti ne hanno due). Il corno è più piccolo di quello delle altre specie moderne di rinoceronte: generalmente non supera i 20 cm, e quello più grande mai misurato era lungo appena 27 cm. Solo i maschi hanno il corno. Le femmine di rinoceronte di Giava sono gli unici rinoceronti esistenti ad essere prive di corno nell'età adulta, anche se al loro posto possono sviluppare una sorta di protuberanza di 2,5-5 cm di altezza. Il rinoceronte di Giava non sembra che utilizzi spesso il corno nei combattimenti, ma lo utilizza invece per smuovere il fango nelle pozze melmose, per abbattere piccoli alberelli di cui si nutre e per farsi strada attraverso la fitta vegetazione. In modo simile alle altre specie brucatrici di rinoceronte (nero, di Sumatra e indiano), il rinoceronte di Giava ha un labbro superiore lungo e appuntito che gli consente di afferrare il cibo. Gli [[Incisivo|incisivi]] inferiori sono lunghi e affilati; quando il rinoceronte di Giava combatte, si serve proprio di questi denti per cercare di ferire l'avversario. Dietro gli incisivi, due fila composte da sei [[Molare|molari]] a corona bassa vengono impiegate per masticare i vegetali più coriacei. Come tutti i rinoceronti, il rinoceronte di Giava ha olfatto e udito ben sviluppati, ma la vista è molto scarsa. È stato stimato che possa vivere fino a 30-45 anni<ref name="van Strien"/>.

Like the Indian rhino, the Sunda rhinoceros has a single horn (the other extant species have two horns). Its horn is the smallest of all extant rhinos, usually less than {{convert|20|cm|in|abbr=on}} with the longest recorded only {{convert|27|cm|in|abbr=on}}. Only males have horns. Female Sunda rhinos are the only extant rhinos that remain hornless into adulthood, though they may develop a tiny bump of an inch or two in height. The Sunda rhinoceros does not appear to often use its horn for fighting, but instead uses it to scrape mud away in wallows, to pull down plants for eating, and to open paths through thick vegetation. Similar to the other browsing species of rhino (the black, Sumatran, and Indian), the Sunda rhino has long, pointed, upper lips which help in grabbing food. Its lower [[incisor]]s are long and sharp; when the Sunda rhino fights, it uses these teeth. Behind the incisors, two rows of six low-crowned [[Molar (tooth)|molars]] are used for chewing coarse plants. Like all rhinos, the Sunda rhino smells and hears well, but has very poor vision. They are estimated to live for 30 to 45 years.<ref name="van Strien" />

Its hairless, splotchy gray or gray-brown skin falls in folds to the shoulder, back and rump. The skin has a natural mosaic pattern, which lends the rhino an armored appearance. The neck folds of the Sunda rhinoceros are smaller than those of the Indian rhinoceros, but still form a saddle shape over the shoulder. Because of the risks of interfering with such an endangered species, however, the Sunda rhinoceros is primarily studied through fecal sampling and camera traps. They are rarely encountered, observed or measured directly.<ref name="NatPost" />