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[[File:Javan Rhino Zimmerman.jpg|thumb|left|Disegno del 1861 raffigurante una caccia a ''R. s. sondaicus''.]]

La principale causa del continuo declino della popolazione del rinoceronte di Giava è stata il bracconaggio per il corno, un problema che affligge tutte le specie di rinoceronte. I corni sono stati oggetto di commercio per più di 2000 anni in Cina, dove si ritiene che abbiano proprietà medicamentose. In epoca storica, la pelle di rinoceronte veniva utilizzata per fabbricare armature per i soldati cinesi, mentre alcune tribù di indigeni del Vietnam credevano che con la pelle si potesse creare un antidoto per il veleno dei serpenti<ref name="AP2">{{cita web|titolo=Scientists Find Surviving Members of Rhino Species|autore=Bruce Stanley|data=22 giugno 1993|sito=Associated Press|url=http://www.apnewsarchive.com/1993/Scientists-Find-Surviving-Members-of-Rhino-Species/id-c348379a851bbead36991c551c6d6b7a}}</ref>. Dal momento che l'areale del rinoceronte si estende su aree estremamente povere, è stato difficile convincere le popolazioni locali a non uccidere un animale apparentemente (almeno a prima vista) inutile dal quale si potrebbero ricavare grosse somme di denaro<ref name="Biotropica"/>. Quando nel 1975 entrò in vigore la [[Convenzione sul commercio internazionale delle specie minacciate di estinzione|Convenzione sul Commercio Internazionale delle Specie Minacciate di Estinzione]], il rinoceronte di Giava fu inserito subito sotto la protezione totale garantita dall'Appendice I; qualsiasi tipo di commercio implicante rinoceronti di Giava o prodotti da essi derivati è illegale<ref name="African">{{cita libro|autore=R. Emslie and M. Brooks|anno=1999|titolo=African Rhino. Status Survey and Conservation Action Plan|editore=IUCN/SSC African Rhino Specialist Group. IUCN, Gland, Switzerland and Cambridge, UK|isbn=2-8317-0502-9}}</ref>. Le indagini sul prezzo del corno di rinoceronte sul mercato nero hanno determinato che il corno dei rinoceronti asiatici può raggiungere una quotazione di 30.000 $ al chilogrammo, tre volte il prezzovalore del corno dei rinoceronti africani<ref name="Dinerstein"/>.

AsCome withmolti manyaltri typesrappresentanti Asian and Africandella [[megafauna]], theasiatica Sundae rhinoafricana, wasil relentlesslyrinoceronte hunteddi byGiava trophyè andstato big-gamecacciato huntersincessantemente forper decadesdecenni followingcome thetrofeo arrivaldi ofcaccia Europeansgrossa in itsseguito all'arrivo degli europei nel suo rangeareale. The rhinos being easy targets, this was as severe a contributor to its decline as was poaching for its horns. Such was the toll of [[big game hunting|big-game hunting]] that by the time the rhino's plight was made known to the world, only the Javan and the (then unknown) Vietnamese populations remained.

Loss of habitat because of agriculture has also contributed to its decline, though this is no longer as significant a factor because the rhinoceros only lives in one nationally protected park. Deteriorating habitats have hindered the recovery of rhino populations that fell victim to poaching. Even with all the conservation efforts, the prospects for their survival are grim. Because the population is restricted to one small area, they are very susceptible to disease and [[inbreeding depression]]. Conservation geneticists estimate a population of 100 rhinos would be needed to preserve the genetic diversity of this [[conservation-reliant species]].<ref name="NYT" />