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La principale causa del continuo declino della popolazione del rinoceronte di Giava è stata il bracconaggio per il corno, un problema che affligge tutte le specie di rinoceronte. I corni sono stati oggetto di commercio per più di 2000 anni in Cina, dove si ritiene che abbiano proprietà medicamentose. In epoca storica, la pelle di rinoceronte veniva utilizzata per fabbricare armature per i soldati cinesi, mentre alcune tribù di indigeni del Vietnam credevano che con la pelle si potesse creare un antidoto per il veleno dei serpenti<ref name="AP2">{{cita web|titolo=Scientists Find Surviving Members of Rhino Species|autore=Bruce Stanley|data=22 giugno 1993|sito=Associated Press|url=http://www.apnewsarchive.com/1993/Scientists-Find-Surviving-Members-of-Rhino-Species/id-c348379a851bbead36991c551c6d6b7a}}</ref>. Dal momento che l'areale del rinoceronte si estende su aree estremamente povere, è stato difficile convincere le popolazioni locali a non uccidere un animale apparentemente (almeno a prima vista) inutile dal quale si potrebbero ricavare grosse somme di denaro<ref name="Biotropica"/>. Quando nel 1975 entrò in vigore la [[Convenzione sul commercio internazionale delle specie minacciate di estinzione|Convenzione sul Commercio Internazionale delle Specie Minacciate di Estinzione]], il rinoceronte di Giava fu inserito subito sotto la protezione totale garantita dall'Appendice I; qualsiasi tipo di commercio implicante rinoceronti di Giava o prodotti da essi derivati è illegale<ref name="African">{{cita libro|autore=R. Emslie and M. Brooks|anno=1999|titolo=African Rhino. Status Survey and Conservation Action Plan|editore=IUCN/SSC African Rhino Specialist Group. IUCN, Gland, Switzerland and Cambridge, UK|isbn=2-8317-0502-9}}</ref>. Le indagini sul prezzo del corno di rinoceronte sul mercato nero hanno determinato che il corno dei rinoceronti asiatici può raggiungere una quotazione di 30.000 $ al chilogrammo, tre volte il valore del corno dei rinoceronti africani<ref name="Dinerstein"/>.
Come molti altri rappresentanti della [[megafauna]] asiatica e africana, il rinoceronte di Giava è stato cacciato incessantemente per decenni come trofeo di caccia grossa in seguito all'arrivo degli europei nel suo areale.
Anche la distruzione dell'habitat per far spazio all'agricoltura ha contribuito al declino della specie, ma questo fattore non costituisce più una minaccia da tempo, poiché i rinoceronti oggi vivono soltanto entro i confini di un parco nazionale rigorosamente protetto. Il deterioramento dell'habitat ha ostacolato il recupero delle popolazioni di rinoceronte vittime del bracconaggio. Malgrado tutti gli sforzi dei conservazionisti, le prospettive per la sopravvivenza della specie sono tristi. Dal momento che l'intera popolazione è relegata a una piccola area, i rinoceronti sono molto suscettibili alle malattie e alla depressione endogamica. Secondo le stime dei genetisti conservazionisti, sarebbe necessaria una popolazione di almeno 100 rinoceronti per preservare la diversità genetica di questa specie così strettamente dipendente dai programmi di conservazione<ref name="NYT"/>.
=== Ujung Kulon ===
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