Subì la sostituzione delle [[elica|eliche]] a passo costante con quelle a passo variabile per via di serie problematiche che affliggevano il funzionamento delle prime<ref>Giorgio Giorgerini, ''Uomini sul fondo. Storia del sommergibilismo italiano dalle origini a oggi'', p. 350</ref>.
Nonostante fosse entrato formalmente in servizio nel giugno 1943, all’all'[[armistizio di Cassibile|armistizio]] era completo ma ancora in allestimento e non in grado di prendere il mare per lunghi periodi<ref name=autogenerato1>[http://www.xmasgrupsom.com/Sommergibili/nautilo.html Regio Sommergibile Nautilo<!-- Titolo generato automaticamente -->]</ref>.
L’8L'8 settembre da [[Monfalcone]] riuscì a portarsi a [[Venezia]]. Salpato disarmato dal porto l'11 seguente, assistette all'affondamento del cacciatorpediniere ''[[Quintino Sella (cacciatorpediniere)|Quintino Sella]]'' da parte della [[S-Boot|motosilurante]] tedesca ''[[Azione delle motosiluranti S 54 e S 61|S 54]]''. Tornato a Venezia a causa di alcune avarie, fu catturato dai tedeschi<ref name=autogenerato2>[http://www.archeologiaindustriale.it/sez_produzione_it.php?form_search__special__command=clear&content_type=nave&goto_id=924 :: Museo della Cantieristica ::<!-- Titolo generato automaticamente -->]</ref><ref name=autogenerato1 /><ref>Giorgio Giorgerini, ''Uomini sul fondo. Storia del sommergibilismo italiano dalle origini a oggi'', p. 365</ref>.
Ribattezzato ''U. IT. 9'' si spostò a [[Pola]] ma in quel porto, il 9 gennaio 1944, affondò nel corso di un [[bombardamento aereo]]<ref name=autogenerato2 /><ref name=autogenerato1 />.
