Nel [[1764]], Macpherson diventa segretario del Generale Johnstone a [[Pensacola]], in [[Florida]]. Quando rientra in Gran Bretagna due anni dopo, a seguito di un litigio con Johnstone, ottiene che il suo salario sia mantenuto sotto forma di pensione. Continua a scrivere diversi lavori storici; i più importanti furono ''[[Original Papers, containing the Secret History of Great Britain from the Restoration to the Accession of the House of Hanover]]'' e ''[[Extracts from the Life of James II]]'' (1775). Riceve un salario per difendere la politica del governo di Lord North, e ottiene il posto ben pagato di agente di Muhammad Ali, nabab di Arkât. Entra alla Camera dei Comuni nel [[1780]], come Deputato di [[Camelford]], e vi partecipa fino alla sua morte. Nei suoi ultimi anni, compera una tenuta, alla quale dà il nome di ''Belville'', nella sua contea natale di [[Inverness]], dove muore nel [[1796]].
