Fa parte del [[Parco Nazionale del Gargano]] e della [[Comunità Montana del Gargano]] e detiene, con i suoi 234 km quadrati² di superficie, l'ottantatreesimo posto tra i Comuni d'Italia con più vasta [[Primi 100 comuni italiani per superficie|espansione territoriale]]. Del comune di San Marco in Lamis fanno parte anche le frazioni di [[Borgo Celano]] (2,13 km), [[San Matteo (San Marco in Lamis)|San Matteo]] (2,08 km), [[Stignano]] (6,73 km) e [[Villaggio Amendola]] (19,1 km). Il torrente Jana che da secoli attraversa il comune, è ormai ridotto ad un lungo canale perlopiù sotterraneo, il cosiddetto "canalone", per lo scolo delle acque piovane.
