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</ref> Le iniziative del Partito sono confuse dalla stampa con quelle del leader storico [[Marco Pannella]] e delle sue [[Associazione Politica Nazionale Lista Marco Pannella|vicissitudini elettorali]]. Ulteriore confusione viene dal fatto che a partire dagli [[anni 2000]], piuttosto che rafforzare la sua espansione all’esterno dell’Italia, il Partito preferisce concentrarsi sul «[[caso Italia]]»<ref>{{Cita web|url=http://www.radioradicale.it/exagora/il-caso-italia-1-introduzione-lo-stato-della-giustizia-in-europa-i-convegno|titolo=IL CASO ITALIA: (1) Introduzione - LO STATO DELLA GIUSTIZIA IN EUROPA - I· CONVEGNO {{!}} RadioRadicale.it|sito=www.radioradicale.it|lingua=it|accesso=2017-03-20}}</ref> come emblematico del decadimento di un sistema politico costituzionale in una «[[democrazia reale]]», ovvero in una democrazia nella forma ma in cui nella sostanza le stesse istituzioni agiscono in contrasto con le leggi o la [[Costituzione]].<ref>{{Cita pubblicazione|autore=Marco Pannella|data=10 ottobre 1989|titolo=Diritti democratici nella "Democrazia reale"|rivista=IL GIORNALE D’ITALIA|volume=|numero=|accesso=20 marzo 2017|abstract=|url=http://www.radioradicale.it/exagora/diritti-democratici-nella-democrazia-reale}}</ref> L’[[Italia]] rappresenta, secondo il Partito Radicale, l’apogeo del «regime partitocratico» e come tale pronta a diffondere nel mondo «la peste» della «democrazia reale», come viene denunciato nelle sedi internazionali e con la raccolta di un «Libro Giallo de “La Peste Italiana” (Dopo la rovina del Ventennio fascista, il Sessantennio di metamorfosi del Male)».<ref name=":0">{{cita testo|autore=Gruppo di Iniziativa di Satyagraha 2009 per lo Stato di diritto e la Democrazia cancellati in Italia|titolo=La Peste Italiana|editore=|città=|data=|url=http://www.radicali.it/wp-content/uploads/2010/07/peste_italiana.pdf|citazione=Solo nel 1976 l’emittente “Radio Radicale” inizia a trasmettere in diretta, senza autorizzazione e rubando il segnale dal circuito interno, i dibattiti delle assemblee di Camera e Senato, inaugurando anche il processo di archiviazione delle “voci” di deputati e senatori, con una sistematica catalogazione.|accesso=26 febbraio 2017}}</ref>
Nel [[Anni 2000|primo decennio del nuovo millennio]] il Partito entra in crisi per problemi di [[Governo d'impresa|governance]] interna<ref>{{cita testo|autore=Maurizio Turco|titolo=Ai responsabili di Radicali Italiani, Associazione Luca Coscioni, Non c’è pace senza giustizia, Esperanto Radikala Asocio, Nessuno Tocchi Caino|data=23 febbraio 2017|url=https://medium.com/notizie-radicali/ai-responsabili-di-radicali-italiani-associazione-luca-coscioni-non-cè-pace-senza-giustizia-c94255c0097c#.olggziu7d|accesso=26 febbraio 2017}}</ref> . Lo Statuto adottato nel [[1993]]<ref>{{cita testo|titolo=Materiali per il dibattito sullo statuto del partito trasnazionale|url=http://www.radioradicale.it/exagora/materiali-per-il-dibattito-sullo-statuto-del-partito-trasnazionale|autore= Lorenzo Strik Lievers|autore2=Roberto Cicciomessere|pubblicazione= XXXVI· CONGRESSO DEL PARTITO RADICALE|data=30 aprile 1992|accesso=26 febbraio 2017}}</ref> disegna un'evoluzione molto ambiziosa basata su numerose associazioni tematiche e con organi che si rivelano sovradimensionati. NellaDurante politicatutto italianail sidecennio affermanoil movimentiPartito popolarisupporta chele promuovonoassociazioni battaglieradicali difornendo chiararisorse derivazione radicaleeconomiche e, permettendo capitalizzarea annidisposizione di lotte radicalicontatti, lestrumenti associazionie costituenti,relazioni laperché piùqueste importantesvolgano delleal quali è [[Radicali Italiani]] nata per curaremeglio le battaglie del Partito all'interno della realtàloro italianaattività, reclamanoquesto marginicomporta sempreun piùcospicuo ampiaumento di indipendenzaattività politicadelle dallaassociazioni regia centrale del partitoradicali e nonun raramentecontrazione affermanodi proprieiniziative agende politiche in sovrapposizione, se non in contraddizione, con ildel Partito stesso.
Nel 2011 viene eletto nel XXXIX Congresso, un nuovo segretario, il maliano [[Demba Traoré]], che però abbandona il Partito senza dimettersi, richiamato da responsabilità di governo nel suo paese. Con un segretario assente il Partito Radicale è all'impasse e non può praticamente condurre alcuna battaglia autonoma.
Intanto [[Marco Pannella]] rilancia la battaglia per la Giustizia Giusta invocando un provvedimento di Amnistia che a molti radicali sembra irrealizzabile nella situazione italiana. La battaglia di Pannella otterrà comunque risultati importanti come un messaggio alle Camere del Presidente della Repubblica [[Giorgio Napolitano]], un provvedimento di [[indulto]] e altre misure per attutire i problemi delle carceri italiane, ma non riesce ad incidere efficacemente sull'arretrato che ingolfa il sistema giudiziario e che è il vero obiettivo della lotta per permettere a tutti i cittadini italiani l'accesso ad una Giustizia, se non ancora Giusta, quantomeno efficiente.
Nel 2016, per superare la lunga inazione dovuta all'assenza del Segretario, gli iscritti stessi per la prima volta nella storia del partito, convocano un Congresso straordinario.
Nel 2011 viene eletto nel XXXIX Congresso, un nuovo segretario, il maliano [[Demba Traoré]], che però abbandona il Partito senza dimettersi, richiamato da responsabilità di governo nel suo paese. Con un segretario assente il Partito Radicale è all'impasse mentre si inasprisce il confronto tra [[Marco Pannella]] e i dirigenti dell’Associazione [[Radicali Italiani]] sostenuti da [[Emma Bonino]]. I [[Radicali Italiani]] intendono recuperare la tradizione [[Socialismo liberale|liberal-socialista]], e si collocano nel Centro-Sinistra, sostenendo le classiche battaglie radicali ormai divenute di successo tra il pubblico, mentre fanno passare in secondo piano l’idea [[Libertarianismo|libertaria]] di partito come strumento di lotta [[Nonviolenza|nonviolenta]], transpartitico e non ideologico propria di [[Marco Pannella]].
LaGli mozioneiscritti del XL Congresso tenuto all’interno del carcere di Rebibbia adottano con una schiacciante maggioranza (di oltre 2/3 dei votanti) una mozione rigidamente «pannelliana» che definisce tre lotte per il Partito Radicale per il biennio 2017-2018: il proseguimento della battaglia sulla Giustizia Giusta,<ref>{{cita web|url=http://www.referendumgiustiziagiusta.it/|titolo=Giustizia Giusta|accesso=26 febbraio 2016}}</ref> in particolare per il mezzo della proposta di Amnistia per la Repubblica,<ref>{{cita testo |url=http://www.radicalparty.org/it/content/amnistia-la-repubblica-gli-obiettivi-del-nostro-satyagraha-di-natale-con-marco-pannella|titolo=Noi sottoscritti abitanti il territorio italiano ci uniamo alla lotta nonviolenta del leader radicale Marco Pannella affinché nel nostro Paese si affermi la legalità nell’amministrazione della Giustizia... |url=http://www.radicalparty.org/it/content/amnistia-la-repubblica-gli-obiettivi-del-nostro-satyagraha-di-natale-con-marco-pannella}}</ref> la rivendicazione degli Stati Uniti d’Europa<ref>La battaglia sugli Stati Uniti d'Europa data indietro al 1994 come in {{cita testo |url=http://www.radioradicale.it/exagora/stati-uniti-deuropa-subito-0|testo=STATI UNITI D'EUROPA subito!|autore=Bandinelli Angiolo, Cicciomessere Roberto, Dell'Alba Gianfranco, Dupuis Olivier, Frassineti Luca et al.|pubblicazione=Atti del convegno “I radicali e la nonviolenza: un metodo, una speranza”|città=Roma|data=29-30 aprile 1988 |url=http://www.radioradicale.it/exagora/stati-uniti-deuropa-subito-0|accesso=26 febbraio 2017 |testo=STATI UNITI D'EUROPA subito!}}</ref> come strumento necessario al superamento dei localismi e dei nazionalismi che stanno spezzando il continente, ed infine l’introduzione all’interno della Dichiarazione dei Diritti dell’Uomo del fondamentale Diritto alla Conoscenza come base necessaria della transizione dei paesi verso veri Stati di Diritto.<ref>{{cita testo|titolo=Per un nuovo diritto umano: il DIRITTO ALLA CONOSCENZA |data=3 febbraio 2015|url=http://www.radicalparty.org/it/nuovo-diritto-umano-diritto-alla-conoscenza |data=3 febbraio 2015}}</ref> ▼I [[Radicali Italiani]] entrano in conflitto con una parte del Partito Radicale Nonviolento e direttamente con l'anziano leader radicale, il quale sottolinea la propria distanza dai [[Radicali Italiani]] ed in particolare da [[Emma Bonino]], che considera ormai fuori dal Partito.<ref>{{cita testo|url=http://www.ilfoglio.it/bordin-line/2017/02/17/news/radicali-crisi-non-dipende-da-scomparsa-marco-pannella-120998/|titolo=Ciò che sta accadendo nei Radicali non dipende dalla scomparsa di Pannella|autore=Massimo Bordin|data=17 Febbraio 2017|accesso=26 febbraio 2017}}</ref><ref>{{cita video|url=http://www.radioradicale.it/scheda/449018/conversazione-settimanale-con-marco-pannella|titolo=Conversazione settimanale con Marco Pannella|autore=Massimo Bordin|data=26 luglio 2015|accesso=26 febbraio 2017}}</ref>
Le strade delle due organizzazioni radicali sono destinate a separarsi nettamente quando, pochi mesi prima della scomparsa di [[Marco Pannella]], alcuni dirigenti di [[Radicali Italiani]] presentano nelle [[elezioni amministrative italiane del 2016]] una lista elettorale chiaramente etichettata con il nome “Radicali”, vanificando così, agli occhi degli iscritti al Partito Radicale, il ventennale sforzo fatto per candidare le lotte radicali come patrimonio comune ed inclusivo di tutte le forze politiche disposte a sostenerle. Nelle elezioni del 2016, il Partito Radicale invece sottolinea per l’ennesima volta la sua classica posizione anti-elettorale contro il regime partitocratico italiano.<ref>{{cita video|url=http://www.radioradicale.it/scheda/471317/conferenza-di-presentazione-del-documento-per-il-partito-radicale-sullo-stato-di|titolo=Conferenza di presentazione del Documento per il Partito Radicale sullo Stato di Diritto e dei Diritti Umani|autore=Partito Radicale|editore=Radio Radicale|data=3 aprile 2016|accesso=26 febbraio 2017}}</ref>
Nel 2016, per superare l'inazione dovuta all'assenza del Segretario, gli iscritti stessi per la prima volta nella storia del partito, convocano un Congresso straordinario. Le associazioni prenderanno una posizione conflittuale convocando il Senato del Partito, in mancanza del suo Presidente, prima per evitare la convocazione del Congresso considerato improprio e poi per tentare di nominarne la presidenza, senza riuscirvi.<ref>{{cita video|url=http://www.radioradicale.it/scheda/481067/senato-del-partito-radicale-nonviolento-transnazionale-e-transpartito|editore=Radio Radicale|titolo=Senato del Partito Radicale Nonviolento Transnazionale e Transpartito|data=14 luglio 2016|accesso=26 febbraio 2017}}</ref>
Gli iscritti del XL Congresso tenuto all’interno del carcere di Rebibbia adottano con una schiacciante maggioranza (di oltre 2/3 dei votanti) una mozione rigidamente «pannelliana» e anti-gerarchica, che azzera il potere delle associazioni nel Partito e che scava un solco molto profondo non solo con i [[Radicali Italiani]] ormai orientati a diventare un partito per presentarsi alle imminenti elezioni, ma anche con tutte le altre associazioni radicali, disconoscendo il loro potere statutario almeno fino al successivo congresso, e ponendo le basi per un generale ripensamento del loro ruolo all'interno della vita del Partito e degli spazi da esso gestiti: la storica sede di via di Torre Argentina 76 e Radio Radicale.<ref>{{cita testo|url=http://www.ilpost.it/2017/02/21/perche-i-radicali-sono-implosi/|titolo=Perché i Radicali sono implosi|pubblicazione=IlPost.it|data=21 febbraio 2017|autore=Davide Maria De Luca|accesso=26 febbraio 2017}}</ref><ref>{{cita testo|titolo=Risposta alla comunicazione email inviata dalla Presidenza del Partito radicale|url=https://www.associazionelucacoscioni.it/notizie/comunicati/risposta-alla-comunicazione-email-inviata-dalla-presidenza-del-partito-radicale/}}</ref>
▲La mozione del XL Congresso definisce tre lotte per il Partito Radicale: il proseguimento della battaglia sulla Giustizia Giusta,<ref>{{cita web|url=http://www.referendumgiustiziagiusta.it/|titolo=Giustizia Giusta|accesso=26 febbraio 2016}}</ref> in particolare per il mezzo della proposta di Amnistia per la Repubblica,<ref>{{cita testo|url=http://www.radicalparty.org/it/content/amnistia-la-repubblica-gli-obiettivi-del-nostro-satyagraha-di-natale-con-marco-pannella|titolo=Noi sottoscritti abitanti il territorio italiano ci uniamo alla lotta nonviolenta del leader radicale Marco Pannella affinché nel nostro Paese si affermi la legalità nell’amministrazione della Giustizia...}}</ref> la rivendicazione degli Stati Uniti d’Europa<ref>La battaglia sugli Stati Uniti d'Europa data indietro al 1994 come in {{cita testo|url=http://www.radioradicale.it/exagora/stati-uniti-deuropa-subito-0|testo=STATI UNITI D'EUROPA subito!|autore=Bandinelli Angiolo, Cicciomessere Roberto, Dell'Alba Gianfranco, Dupuis Olivier, Frassineti Luca et al.|pubblicazione=Atti del convegno “I radicali e la nonviolenza: un metodo, una speranza”|città=Roma|data=29-30 aprile 1988|accesso=26 febbraio 2017}}</ref> come strumento necessario al superamento dei localismi e dei nazionalismi che stanno spezzando il continente, ed infine l’introduzione all’interno della Dichiarazione dei Diritti dell’Uomo del fondamentale Diritto alla Conoscenza come base necessaria della transizione dei paesi verso veri Stati di Diritto.<ref>{{cita testo|titolo=Per un nuovo diritto umano: il DIRITTO ALLA CONOSCENZA|url=http://www.radicalparty.org/it/nuovo-diritto-umano-diritto-alla-conoscenza|data=3 febbraio 2015}}</ref>
Per la prima volta nella storia del Partito viene eletta una Presidenza di ben 16 persone e viene definita come condizione per il proseguimento delle attività del Partito non solo il completo superamento del debito residuo ma anche la necessità di un consistente apporto di nuova militanza per cambiare completamente la composizione del partito con l'iscrizione di 3000 iscritti nell’anno 2017 e nel 2018.
In mancanza di queste condizioni il Congresso ha stabilito che la Presidenza, senza altre formalità, chiuda il Partito.<ref>{{cita testo|autore=Partito Radicale|titolo=MOZIONE GENERALE DEL 40ESIMO CONGRESSO STRAORDINARIO DEL PARTITO RADICALE NONVIOLENTO, TRANSNAZIONALE E TRANSPARTITO|data=3 settembre 2016|url=http://www.radicalparty.org/it/content/mozione-generale-del-40esimo-congresso-straordinario-del-partito-radicale-nonviolento-transn|data= 3 settembre 2016|autore=Partito Radicale|accesso=26 febbraio 2017}}</ref>
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