Minecraft offeoffre anche un sistema di combattimento che consente di indossare armature protettive (composte di vari materiali), e di attaccare con armi come spade, asce e archi o con qualunque oggetto. Nell'aggiornamento 1.9 questo sistema è stato aggiornato, introducendo un indicatore sotto il cursore che rappresenta il tempo di ricarica di ogni attacco, dipendente dall'oggetto usato per attaccare e da eventuali incantamenti, e nel caso non sia ricaricato completamente il danno effettuato sarà minore. L'aggiornamento 1.9, inoltre, ha anche implementato un nuovo slot dell'inventario, chiamato "Offhand slot", che permetterà di usare la mano sinistra per impugnare un secondo oggetto, in particolari ci sono alcune combinazioni di oggetti, come un arco in coppia con altre armi o con delle frecce con la possibilità di decidere quale incoccare nell'arco, nel caso in cui il giocatore ne trasporti più di un tipo, questo slot originariamente era pensato per ospitare lo scudo, che permetterà di bloccare gli attacchi nemici e deflettere alcuni tipi di proiettili.
Molti server multigiocatore, inoltre, presentano delle "Arene PvP", delle strutture create ad hoc per i combattimenti tra giocatori
