Il giocatore controlla l'[[Evangelion (Neon Genesis Evangelionmecha)|Evangelion]] all'interno di una grande mappa, finché non si incappa in un avversario. Al giocatore viene data una lista di azioni, fra le quali il giocatore può scegliere di attaccare il nemico. Una volta che un attacco è stato deciso, viene mostrata una sequenza animata in [[Computer Graphic]] in cui viene mostrato l'attacco dell'Eva. Inoltre il gioco segue alcuni archi narrativi, nei quali il giocatore può scegliere fra una serie di personaggi da utilizzare nella modalità storia. Per esempio i tre personaggi principali, [[Shinji Ikari]], [[Rei Ayanami]] ed [[Asuka Soryu Langley]], sono selezionabili dall'inizio, mentre gli altri sono sbloccabili man mano che si verificano alcuni eventi nel gioco.
