Il libro ha attiratoscatenato suun vespaio di sé molte critiche sdegnate. LeLa pretesepresunzione di imparzialità di Johnson sonoè statestata messemessa in discussione da alcuni recensori che stracciandosi le vesti hanno affermatodichiatato che "la forza trainante dietro il libro di Johnson non è né l'equità né la precisione", <ref>{{cita web|lingua=en|http://www.talkreason.org/articles/honesty.cfm|Spitzer B. "The Truth, the Whole Truth, and Nothing But the Truth?".}}</ref> e che la pretesa imparzialità è contraddetta dall'obiettivo dichiarato di Johnson di "legittimare l'affermazione di una visione del mondo teistica nelle università laiche". <ref>{{cita web|lingua=en|http://www.antievolution.org/people/wre/evc/biid/dot/pej_dot.html|Elsberry, WR. "An extended review of Phillip E. Johnson's "Darwin On Trial""}}.</ref> Il paleontologo [[Stephen Jay Gould]] recensì duramente il libro in un articolo apparso su [[Scientific American]]. <ref>{{cita web|lingua=en|http://www.stephenjaygould.org/ctrl/gould_darwin-on-trial.html|Gould SJ (1992). "Impeaching a Self-Appointed Judge". Scientific American. 267 (1).}}</ref>
[[Eugenie Scott]] ha scritto che, a suo parere, il libro "insegna poco e non è accurato né sulla natura della scienza, né sul tema dell’evoluzione. Non è raccomandato né agli scienziati, né agli educatori". Ma altri autori non sono d’accordo.<ref>{{cita web|lingua=en|https://ncse.com/library-resource/review-article-darwin-trial-by-phillip-johnson|Scott, EC; Sager TC (1992). "Review of Johnson's Darwin on Trial".}}</ref>. Ad esempio lo storico della scienza alla [[Cornell University]] William Provine dichiarò che il suo corso di biologia evoluzionistica cominciava facendo leggere ai suoi studenti il libro di Johnson. <ref>{{cita web|lingua=en|http://www.arn.org/docs/orpages/or161/pjlect.htm|Reynolds, John Mark (June 2, 1995). "Que Res Vitas?: Phil Johnson Takes His Case to the East".}}</ref>
