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Nacque nel 1902, figlio di Emerico Schiffrer e Anna Zanettig. La famiglia paterna era originaria di [[Lubiana]] ed Emerico fu un pittore di una certa notorietà a Trieste. Il giovane Carlo studiò alla "Civica Scuola Reale", rimanendo solo con i nonni negli anni della guerra, dopo che i genitori vennero internati in un campo nell'interno dell'Austria quali "politicamente infidi".
Nel dopoguerra - con il passaggio di Trieste e della [[Venezia Giulia]] al [[Regno d'Italia (1861-1946)|regno d'Italia]] - riuscì a frequentare l'università di [[Firenze]] grazie ad un sussidio corrisposto dal governo italiano agli studenti delle regioni "''redente''". Gli anni universitari sonofurono segnati in particolare dall'incontro di Schiffrer con [[Gaetano Salvemini]]: in quel periodo lo storico pugliese si impegnaera sovente impegnato nel dibattito in Italia sulla "questione adriatica", ed è da lui che Schiffrer decidedecise di farsi assegnare la tesi sulle origini dell'irredentismo triestino. Nel frattempo conosceconobbe sempre a Firenze Geppina Frittelli, che sposerà nel 1929. Passato quindi un periodo di supplenza a Trieste, e svolto il servizio militare in Piemonte negli [[alpini]], nel dicembre del 1925 Schiffrer tornatornò a Firenze per discutere la tesi, non più però con il Salvemini (espatriato nel frattempo per i contrasti col regime [[Fascismo|fascista]]) ma davanti ad una commissione che giudicagiudicò il suo lavoro in modo più prevenuto.
TornatoRientrato quindi a Trieste e dedicatosi stabilmente all'insegnamento, Schiffrer approfondisceapprofondì negli anni tra le due guerre varie tematiche di geografia politica,. curando conCon [[Giorgio Roletto]] curò vari manuali per le scuole e, scrivendo pure articoli per la rivista «''Geopolitica»'' diretta dall'allora ministro dell'educazione nazionale [[Giuseppe Bottai]].
Allo scoppio della nuova [[Seconda guerra mondiale|guerra mondiale]], vienevenne richiamato e quindi destinato nella zona di [[Bisterza|Villa del Nevoso]] (sopraallora in provincia di Fiume). Dopo un periodo di congedo, èfu richiamato nuovamente per controllare presso la stazione di Trieste i convogli di soldati cheprovenienti da Mestre vengono indirizzati verso Trieste e le regioni orientali. Dopo l'armistizio, Schiffrer iniziainiziò a lavorare presso l'Istituto di studi geografici a Trieste, conoscendo [[Giovanni Cosattini]], nembro del [[Partito d'Azione]] di Udine. L'amicizia con Cosattini determinadeterminò, oltre alla definitiva partecipazione di Schiffrer alla [[Resistenza italiana|Resistenza]], anche il suo inevitabile coinvolgimento nelle discussioni con il movimento resistenziale jugoslavo a proposito del confine orientale. Date le sue competenze in materia, Cosattini chiedechiese infatti a Schiffrer di redigere uno studio sulla composizione etnica della Venezia Giulia, da poter utilizzare negli incontri tra gli esponenti del [[Comitato di Liberazione Nazionale|CLN Alta Italia]] e quelli del [[Fronte di Liberazione del Popolo Sloveno|Fronte di Liberazione Sloveno]].
Arrestato una volta dalla polizia, e rilasciato su intervento del podestà [[Cesare Pagnini]], Schiffrer vienevenne nuovamente arrestato, insieme al padre, nel maggio 1945 dall'OZNA, dopo l'ingresso a Trieste dell'armata jugoslava. Verrà liberato solo dopo qualche giorno, su probabile intervento del vescovo, mons. [[Antonio Santin]].
Inserito quindi del gruppo di esperti giuliani aggregato alla delegazione italiana nella [[Trattati di Parigi (1947)|Conferenza di Parigi]] per le discussioni sul futuro confine italo-jugoslavo, Schiffrer si impegnaimpegnò nella politica locale triestina negli anni del [[Allied Military Government of Occupied Territories|Governo Militare Alleato]]. Membro del «''Partito Socialista della Venezia Giulia''», èfu come molti favorevole alla restituzione all'Italia di tutto il mai nato [[Territorio Libero di Trieste]], un indirizzo che viene ribadito dai socialisti triestini al congresso di Copenaghen del 1951. Malgrado ciò, Schiffrer si segnalasegnalò anche per la netta opposizione alle ingerenze nella politica triestina del governo italiano, che a suo dire privilegiava i partiti di centro e di destra a scapito delle sinistre.
Dopo alcuni mesi di insegnamento universitario, e nominato nel frattempo anche "vice-commissario di zona" (carica analoga a quella di sotto-prefetto italiano), dopoin ilseguito al ritorno di Trieste all'Italia, scegliescelse per l'incompatibilità delle cariche di riprendere l'insegnamento superiore, invitato a farlo anche dal ministero dell'istruzione e rinunciando quindi definitivamente ad ogni ipotesi di carriera universitaria.
Ormai dedito perlopiù alla sua attività, trascorretrascorse gli anni a venire anche scrivendo articoli e teneretenendo conferenze sulla recente storia triestina e giuliana. Oggetto nel 1962 di un attentato di matrice [[Neofascismo|neofascista]] alla sua abitazione, Schiffrer si spegnerà circa otto anni dopo a causa di un tumore.
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