I Guerrieri Lyoko partono per il Cortex, dove intendono installare il virus edideato per eliminare XANA per sempre, ma vengono devirtualizzati tutti prima che ci riescano. Devono così aspettare dodici ore prima di poter tornare in missione. Quando ormai è arrivato il momento, Tyron arriva al Kadic per portare Aelita in Svizzera: egli, infatti, comunica al preside che la madre della giovane, Anthéa, è viva ed è sua moglie, e presenta le prove necessarie. Lasciati da soli, Tyron minaccia Aelita di non farle rivedere più sua madre se non lo seguirà. La ragazza riesce a scappare e a raggiungere gli amici, ma Tyron ordina alla sua squadra di spegnere il supercomputer: inizia così una corsa contro il tempo per raggiungere la Skid prima che il Cortex collassi completamente su se stesso gettando tutti nel Mare Digitale. I Guerrieri Lyoko riescono a salvarsi e Jeremy li informa di essere riuscito ad installare il virus nel supercomputer di Tyron, così, una volta riacceso, si attiverà e distruggerà XANA. Anche i ragazzi decidono di spegnere il loro supercomputer e Lyoko nell'attesa che Tyron lo riapra.
