Il termine nasce comedalla la [[Composizione (linguistica)|composizione]]crasi di due termini: ''hack'' e ''[[Maratona (atletica leggera)|marathon]]'' partendo proprio dal virtuosismo informatico promosso dagli [[hacker]]<ref>{{cita web|url=http://searchcio.techtarget.com/definition/hackathon|titolo=DEFINITION hackathon|data=gennaio 2014|accesso=14 settembre 2017|lingua=EN}}</ref>. La parola è "apparsa" nel 1999. Sono due gli appuntamenti che sono passati alla storia come primi hackathon: il termine, infatti, è stato coniato sia dagli sviluppatori del sistema operativo [[OpenBSD]] sia dall'ufficio marketing della [[Sun Microsystems|Sun Mycrosystem]] per due meeting organizzati a pochi giorni di distanza senza che i promotori avessero alcun contatto<ref>{{cita web|url=http://www.openbsd.org/hackathons.html|titolo=OpenBSD Hackathons|accesso=14 settembre 2017|lingua=EN}}</ref>.
Il 4 giugno 1999, a [[Calgary]], dieci sviluppatori OpenBSD si sono riuniti per trovare nuove soluzioni che permettessero al sistema operativo di diventare più sicuro e si potesse integrare con sistemi di crittografia<ref name="govtech">{{cita web|url=http://www.govtech.com/pcio/Who-Invented-the-Hackathon.html|titolo=Who Invented the Hackathon?|autore=Colin Wood|data=15 novembre 2013|accesso=14 settembre 2017|lingua=EN}}</ref>.
