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査証は[[在留資格|在留許可]](ないしは滞在許可)と混同されがちだが、査証が入国申請を行うための要件の一つであるのに対し、在留許可は『入国するため、あるいは入国後滞在を続けるための資格』である。
 
また、[[パスポート|旅券]]は厳密ではないが『[[国籍]]証明』と例えて考えると理解しやすい。
 
これらの混同の原因として、一般的に査証の項目に滞在目的・滞在資格が併記されていたり、また一部の国では査証と在留許可が同時に与えられることが挙げられる。最終的な在留・入国許可は、[[国境検問所]]や[[港]]や[[空港]]にいる[[入国審査官]]の裁量で決定する。