Dopo l'evacuazione di [[Big Boss]] e [[Kazuhira Miller]] dalla Mother Base assediata, un [[Ponte di Einstein-Rosenwormhole]] si apre nel cielo e risucchia al suo interno i resti della base e i restanti soldati dei Militaires Sans Frontières. I soldati vengono trasportati in una realtà alternativa con i resti della Mother Base in un mondo pieno di esseri simili a zombie alimentati da uno strano cristallo, conosciuti come "creature"<ref name=IGN/>. L'obiettivo dei Militaires Sans Frontières è quello di trovare materiali e fare tutto il possibile per tornare al proprio mondo.
