Stem-loop: differenze tra le versioni

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Lo '''stem-loop''' è una conformazione intramolecolare basata sull'[[Coppia di basi|accoppiamento delle basi azotate]] che può insorgere a livello di un [[DNA]] a signola elica o, più frequentemente, in [[RNA]]. Questa struttura è anche nota come '''forcina '''o '''ansa forcina'''.

Essa insorge quando due regioni dello stesso filamente si accoppiano in accordo con le regole di appaiamento delle [[basi azotate]] formando una doppia elica che termina in un'ansa non appaiata. Generalmente le regioni che manifestano questa struttura sono provvisti di una sequenza complementare se lette in direzioni opposte. Lo stem-loop è una struttura che sta alla base di molte conformazioni secondarie dell'RNA ed ha molte funzioni di fondamentale utilità, come ad esempio può influenzare il ripiegamento strutturale del filamento, ha funzione protettiva per l'RNA messagero (mRNA), può fornire l'RNA di siti di riconoscimento per proteine specifiche (RNA binding proteins) e funge da substrato per reazioni enzimatiche.<ref>Svoboda, P., & Cara, A. (2006). Hairpin RNA: A secondary structure of primary importance. Cellular and Molecular Life Sciences CMLS, 63(7), 901-908.</ref>

== Formazione e stabilità ==

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Molti [[ribozimi]] sono dotati di strutture stem-loop. Il ''ribozima a testa di martello'' contiene tre stem-loops che si incontrano in una regione centrale non appaiata che funge da sito di clivaggio; questa struttura secondaria è indispensabile per il funzionamento di questo enzima. 

Nei [[procarioti]] ritroviamo anse a forcina all'interno della regione [[Untranslated region|5'UTR]]. Queste strutture sono spesso legate da proteine o sono fonte di una attenuazione dell'efficienza di traduzione, per cui hanno una attività regolatoria.<ref>{{Citacite pubblicazionejournal|last=Meyer|first=Michelle|author2=Deiorio-Haggar K |author3=Anthony J |title=RNA structures regulating ribosomal protein biosynthesis in bacilli|journal=RNA BIology|date=July 2013|volume=10|series=7|pages=1160–1164|doi=10.4161/rna.24151|PMIDpmid=23611891|pmc=3849166}}Parametro <code style="color:red;">titolo</coderef> vuoto o mancante ([[Discussioni modulo:Citazione/Aiuto#citation missing title|aiuto]])

[[Categoria:Errori del modulo citazione - citazioni senza titolo]]</ref>

Lo stem-loop presente a livello della [[sequenza di Shine-Dalgarno]] funge da controllo dell'inizio della traduzione.<ref name=" doi: 10.1111/j.1365-2958.2009.06840.x">{{Citacite journal | author = Malys N, Nivinskas R | title = Non-canonical RNA arrangement in T4-even phages: accommodated ribosome binding site at the gene 26-25 intercistronic junction |journal = Mol Microbiol pubblicazione|volume = 73 | issue = 6 | pages = 1115–1127 | year = 2009 | pmid = 19708923 | doi =10.1111/j.1365-2958.2009.06840.x|PMID=19708923 }}Parametro <code/ref><ref stylename="color doi:red; 10.1007/s00018-010-0588-z">titolo</code>{{cite vuotojournal o| mancanteauthor ([[Discussioni= moduloMalys N, McCarthy JEG | title = Translation initiation:Citazione variations in the mechanism can be anticipated |journal = Cellular and Molecular Life Sciences | year = 2010 | doi =10.1007/Aiuto#citations00018-010-0588-z missing| pmid=21076851 title|aiuto]]) volume = 68 | issue = 6 | pages = 991–1003}}</ref>

[[Categoria:Errori del modulo citazione - citazioni senza titolo]]</ref><ref name="doi: 10.1007/s00018-010-0588-z">{{Cita pubblicazione|volume=68|doi=10.1007/s00018-010-0588-z|PMID=21076851}}Parametro <code style="color:red;">titolo</code> vuoto o mancante ([[Discussioni modulo:Citazione/Aiuto#citation missing title|aiuto]])

[[Categoria:Errori del modulo citazione - citazioni senza titolo]]</ref>

E' anche importante citare l'utilità di questa struttura all'interno della terminazione rho-indipendente della trascrizione all'interno dei procarioti. La struttura stem-loop va a formarsi sulla sequenza di mRNA in fase di trascrizione e causa la dissociazione della [[RNA polimerasi]] dal filamento stampo. Questo processo prende il nome di terminazione rho-indipendente o terminazione intrinseca e la sequenza coinvolta prende il nome di [[Terminatore (biologia)|terterminatore]]<nowiki/>minatore.

== Note ==

<references />

[[Categoria:DNA]]

[[Categoria:RNA]]