Next Generation Sequencing: differenze tra le versioni

Versione delle 17:38, 3 mar 2018

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Con il termine Next Generation Sequencing (NGS)<ref>{{Cita pubblicazione|nome=Jorge S.|cognome=Reis-Filho|data=2009-01-01|titolo=Next-generation sequencing|rivista=Breast Cancer Research|volume=11|numero=3|pp=S12|accesso=2017-03-31|doi=10.1186/bcr2431|url=http://dx.doi.org/10.1186/bcr2431}}</ref> <ref>{{Cita pubblicazione|nome=Gert|cognome=Matthijs|data=2016-01-01|titolo=Guidelines for diagnostic next-generation sequencing|rivista=European Journal of Human Genetics|volume=24|numero=1|pp=2–5|lingua=en|accesso=2017-03-31|doi=10.1038/ejhg.2015.226|url=http://www.nature.com/ejhg/journal/v24/n1/full/ejhg2015226a.html|nome2=Erika|cognome2=Souche|nome3=Mariëlle|cognome3=Alders}}</ref> o ''sequenziamento in parallelo'' si indicano una serie di tecnologie che permettono di sequenziare grandi [[Genoma|genomi]] in un tempo ristretto, dell'ordine di settimane. La tecnologia più utilizzata per il NGS permette di leggere fino a '''300 bp per frammento'''.

L’impiego di queste tecniche innovative permette, in un solo esperimento, di effettuare studi di vario genere tra i quali la caratterizzazione simultanea di genomi, individuazione di riarrangiamenti cromosomici bilanciati e sbilanciati, delezioni e copy number variations <ref>{{Cita pubblicazione|data=2018-02-13|titolo=Copy-number variation|rivista=Wikipedia|lingua=en|accesso=2018-03-03|url=https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Copy-number_variation&oldid=825372230}}</ref>(CNV).

Il NGS viene anche definito come metodo “da estensione” perché la base viene identificata durante l’aggiunta alla catena nascente. In breve potremmo riassumere il processo partendo da [[DNA]] a singolo filamento, un primer, la DNA polimerasi e singoli nucleotidi marcati. Una volta iniziata la reazione di sintesi di DNA a doppio filamento, ogni volta che la DNA polimerasi inserisce un [[nucleotide]] sulla catena in allungamento, questo viene detectato immediatamente in quanto viene rilasciato un segnale di fluorescenza specifico per ognuno dei nucleotidi.

Ad oggi per il NGS ci sono diverse tecniche che si basano su principi differenti.

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Se si vuole studiare l’epigenoma prima è necessario effettuare una '''ChIP''' e poi procedere con la preparazione di una library di cloni.

Nel target capture si sequenzia solo parte del genoma (ad esempio un gene candidato per una specifica patologia), in questo caso la NGS è molto utile se abbiamo un centinaio di geni candidati, diversamente da altre tecniche come la '''DGGE''' (''Denaturing Gradient Gel Electrophoresis''<ref>{{Cita pubblicazione|data=2018-01-26|titolo=Temperature gradient gel electrophoresis|rivista=Wikipedia|lingua=en|accesso=2018-03-03|url=https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Temperature_gradient_gel_electrophoresis&oldid=822540898}}</ref>) che in questo caso richiederebbe lo svolgimento di un esperimento per ogni singolo esone da analizzare.

'''ESTRAZIONE DEL DNA'''