Nel venticinquesimo episodio è presente un lungo [[monologo interiore]] del personaggio, durante il quale riaffiorano i suoi numerosi conflitti interni, tutti radicati nella sua infanzia e nel disastroso rapporto con la figura paterna. Sembra che la professionalità e la giocosità di Misato tradiscano una personalità tormentata e in continuo conflitto, e anche la sua continua ricerca di sollievo attraverso la gratificazione erotica ingrandisce la profonda insoddisfazione che nutre verso se stessa<ref>{{cita|Cavallaro|pp. 72-73}}.</ref>. Fin da piccola, la donna ha cercato di essere una «brava bambina» e di aiutare la madre<ref>{{cita|Filmbook|vol. 9, p. 77}}.</ref>, ma dopo aver terminato l'infanzia ha provato un profondo senso di disgusto per questo comportamento servile. Questo l'ha portata a volersi «sporcare» attraverso una relazione sessuale con Kaji, l'unica persona a cui sembra mostrarsi genuinamente. Pare che nella sua psiche sussista un profondo conflitto, e che cerchi l'immagine di suo padre nell'amante<ref>{{cita|Glénat 2010|p. 86}}.</ref><ref>{{cita|Sony Magazines|vol. 27, p. 11}}.</ref>. Nonostante rifiuti il Progetto per il Perfezionamento dell'Uomo, attraverso il quale le anime di tutti gli esseri umani si uniscono in un unico essere in sé completo, nel suo profondo è alla ricerca della pace, fatto che la spinge a voler trovare rifugio nella figura di Kaji<ref>{{cita|Glénat 2010|pp. 82-83}}.</ref>.
Nella terza puntata, parlando di Shinji e della sua riluttanza nello stringere amicizia con i suoi nuovi compagni di classe, Ritsuko cita alla compagna il concetto del [[dilemma del porcospino]] di [[Arthur Schopenhauer]]. Il discorso delle due donne, pur vertendo principalmente su Shinji, evidenza il particolare punto di vista di Misato in merito alle relazioni umane e alla comunicazione<ref>{{cita|Cannarsi|vol. 2, p. 17}}.</ref><ref name=PB1>{{cita|Platinum booklet|Episode commentaries, vol. 1}}.</ref>, secondo la quale «crescere in fondo è un continuo provare ad avvicinarsi e allontanarsi l'un l'altro, finché non si trova la distanza giusta per non ferirsi a vicenda»<ref>{{cita web|url=http://www.style.fm/as/05_column/animesama36.shtml|titolo=第36回 エヴァ雑記「第参話 鳴らない、電話」|lingua=enja|accesso=4 ottobre 2016}}</ref>. Come i porcospini del racconto, Misato e Shinji entrambi finiscono con il ferirsi a vicenda, continuando però ad aver mutuamente bisogno l'uno dell'altra<ref name=PB1/><ref>{{cita web|url=http://www.style.fm/as/05_column/animesama37.shtml|titolo=第37回 エヴァ雑記「第四話 雨、逃げ出した後」|lingua=ja|accesso=2 giugno 2018}}</ref>. Entrambi i personaggi sono attanagliati da una tormentata solitudine<ref>{{cita|Cannarsi|vol. 2, p. 27}}.</ref>, da paure e da numerose difficoltà nello stringere e mantenere rapporti sociali<ref>{{cita|Cannarsi|vol. 2, p. 24}}.</ref>. Misato, vittima del dilemma del porcospino, riesce ad esprimere apertamente quello che prova, e finisce per respingere il ragazzo<ref>{{cita|Cannarsi|vol. 2, pp. 28-29}}.</ref>. Solamente nella sequenza finale del quarto episodio i due personaggi sembrano riuscire ad avvicinarsi senza farsi del male, superando il dilemma<ref>{{cita|Cannarsi|vol. 2, p. 30}}.</ref>. Il complesso rapporto tra Shinji e Misato Katsuragi è paragonabile alla relazione fra una madre e un figlio, una sorella maggiore e un fratello minore<ref>{{cita pubblicazione|titolo=Stray Children|rivista=Newtype|editore=Kadokawa Shoten|lingua=ja|anno=1996|mese=marzo|pagina=4|url=http://www.acsys.com/~tallman/stray_e.html|urlmorto=sì|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20010211123346/http://www.acsys.com/~tallman/stray_e.html|dataarchivio=11 febbraio 2001}}</ref>, un'adulta e un bambino, un superiore e un subordinato, e fra due amanti<ref name=Note>{{cita|Gainax|Note}}.</ref>. Come sottolineato dall'assistente alla regia della serie, Kazuya Tsurumaki, nei primi episodi tra Shinji e Misato è presente una comunicazione interpersonale assai «distaccata e difficile»; ad esempio, in una scena della seconda puntata Misato parla a Shinji senza entrare nella sua stanza, mentre nella terza i due intraprendono una fuggevole conversazione mattutina senza guardarsi l'un l'altra, come «se guardassero attraverso una porta appena aperta, ma sconnessi»<ref>{{cita|Gainax|Kazuya Tsurumaki Interview, pp. 14-17}}.</ref>. In una scena del ventitreesimo episodio, dopo la morte della First Children Rei Ayanami, Misato entra nella camera da letto di Shinji, tentando di consolarlo offrendogli il proprio corpo. Tuttavia, essendo ancora un bambino, e desiderando solamente essere trattato con semplicità, Shinji non riesce a comprendere i sentimenti della donna<ref>{{cita|Filmbook|vol. 9, pp. 25-26}}. Nel ''Filmbook'' originale è riportato: «Misato tende la propria mano a Shinji. In quel momento potrebbe essere sul punto di cedere il proprio corpo, nel tentativo di consolare Shinji. In realtà, è solo un'azione di compensazione con cui tenta di ingannare la propria solitudine».</ref>. Nella pellicola ''The End of Evangelion'', i due, prima di dirsi definitivamente addio, si scambiano un bacio; poco prima di morire e di mettere in salvo il ragazzo, Misato gli dona il suo ciondolo a forma di croce, unico ricordo di suo padre<ref>{{cita|Sony Magazines|vol. 29, p. 8}}.</ref>. Secondo il ''program book'' del film, Misato è stata «la prima donna di Shinji»<ref name=Note/>.
== Accoglienza ==
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