=== La spedizione in Egitto e l'assedio di Malta ===
Nell'aprile 1798<ref name=H5p281/> fu elevato al grado di [[contrammiraglio]],<ref name=W4p106/> assumendo il comando delle fregate<ref name=H5p281/> della squadra navale agli ordini dell'ammiraglio Brueys incaricata di proteggere la spedizione in [[Egitto]], innalzando la sua insegna sulla ''Diane''.<ref name=H5p281/> Durante all'attacco all'isola di [[Malta]] fu incaricato di proteggere lo sbarco delle truppe, sostenendo nel contempo il combattimento contro le galere dei [[Cavalieri Ospitalieri|Cavalieri di Malta]]. Nel combattimento di [[La Valletta]] la sua nave fu gravemente danneggiata, ed egli trasferì la sua insegna dapprima sul vascello da 74 cannoni ''[[Mercure (1783)|Mercure]]'' e poi sull<nowiki>'</nowiki>''[[Heureux (1782)|Heureux]]''.<ref name=H5p281/> Partecipa marginalmente alla [[Prima battaglia di Aboukir|battaglia di Aboukir]], dimostrando comunque il solito zelo e coraggio, e durante la notte, al seguito dei due vascelli della divisione del contrammiraglio Villeneuve, salpa con le due fregate rimastegli, allontanandosi dalla battaglia e rifugiandosi a Malta.<ref name=H5p281/> Le forze britanniche non tardano a riunirsi davanti all'isola, bloccando ogni accesso. Assunto il comando degli avamposti duurantedurante i diciassette mesi dell'assedio, le truppe francesi al comando del generale Vaubois,<ref name=H5p281/> dovettero sostenere i reiterati assalti del nemico. Ogni giorno che trascorreva la posizione dei francesi diventava sempre più critica: una parte dell'isola era ormai caduta in mano ai britannici, i viveri scarseggiavano ed il numero dei malati si moltiplicava rapidamente. Nel marzo [[1800]] le truppe di Vaubois si trovavano trincerate nella città di La Valletta, mentre il resto dell'isola era saldamente in mano inglese.<ref name=H5p282>{{Cita|Hannequin 1835|p. 282|Hannequin1835}}</ref> Salpato il 12 marzo<ref name=D2p187>{{Cita|Donolo 2012|p. 187|Donolo2012}}</ref> al comando del vascello da 80 cannoni ''[[Le Guillaume Tell (1795)|Le Guillaume Tell]]'',<ref name=W4p106/> con a bordo 200 malati e 1.000 soldati,<ref name=D2p187/> fu attaccato da una fregata e due vascelli britannici<ref>Si trattava della fregata ''[[HMS Penelope (1798)|Penelope]]'' e dei vascelli ''[[HMS Lion (1777)|Lion]]'' e ''[[HMS Foudroyant (1798)|Foudroyant]]''.</ref> mentre prova a forzare il blocco per raggiungere [[Tolone]]. Dopo nove ore di combattimento venne obbligato ad arrendersi dopo avere messo fuori combattimento due dei suoi tre avversari<ref name=H5p283>{{Cita|Hannequin 1835|p. 283|Hannequin1835}}</ref> e perso la metà del suo equipaggio.<ref name=H5p284>{{Cita|Hannequin 1835|p. 284}}</ref> egli stesso, così come il capitano di vascello Saunier e molti ufficiali, rimase ferito durante la battaglia,<ref name=H5p284/> che ebbe l'onore di venire riportata sul ''Naval Chronicle'' dell'epoca.<ref name=H5p284/> Per impedire ad ogni costo la cattura della nave giunse al punto di voler appiccare personalmente il fuoco alla santabarbara del vascello, così da farlo saltare in aria, ma ne venne dissuaso dai suoi subordinati.<ref name=L9p252/> Giunto prigioniero a [[Palermo]] incontrò [[Horatio Nelson|Lord Nelson]] che lo trattò con riguardo. Scambiato con prigionieri inglesi nell'agosto dello stesso anno, ricevette in dono una sciabola che gli fu consegna personalmente il Primo Console.<ref name=H5p284/>
