Alcune squadre italiane sono state rimpiazzate in seguito agli sviluppi giudiziari dello scandalo che ha coinvolto il calcio italiano nel maggio2006. La Juventus, la Fiorentina, la Lazio e il Milan, accusate formalmente il 22 giugno, sono state giudicate il 14 luglio dalla Commissione di Appello Federale e dalla FIGC. La sentenza di appello, resa nota il 25 luglio, ha sancito la retrocessione in Serie B della Juventus con 17 punti di penalizzazione nella stagione 2006-2007, la penalizzazione di 19 punti nel campionato 2006-2007 della A.C.F. Fiorentina, la penalizzazione di 11 punti nella stagione 2006-2007 della Lazio e la penalizzazione di 8 punti nella stagione 2006-2007 del Milan. Juventus, Fiorentina e Lazio sono state escluse dalle competizioni europee, mentre il Milan ha perso il diritto di accedere alla prima fase della Champions League ed è stato ammesso al terzo turno preliminare. In sostituzione di Juventus e Fiorentina, sono state ammesse alla fase a gironi della Champions LeagueInter e Roma. Il Chievo Verona, qualificato in Coppa UEFA e ammesso al terzo turno preliminare della Champions League, aveva liberato un posto ad una squadra italiana nel torneo, ma, essendo stato eliminato dalla Champions League nel terzo turno preliminare (ad opera del Levski Sofia) è stato poi inserito nuovamente nel tabellone della Coppa UEFA. Così a rappresentare l'Italia nella Coppa UEFA2006-2007 inizialmente c'erano Chievo Verona, Palermo, Livorno e Parma.
Conseguenze della sospensione della Federcalcio greca
Il 3 luglio2006 la FIFA aveva sospeso la Federazione calcistica greca da tutte le competizioni europee a causa di incompatibilità tra la legge greca e le regole FIFA. Tuttavia, dopo che la legge è stata emendata per venire incontro alle obiezioni mosse dalla FIFA, il 12 luglio la sospensione è stata annullata dalla stessa FIFA.
^Il 19 gennaio2007 la UEFA ha annunciato l'esclusione del Feyenoord dalla competizione a causa degli incidenti occorsi in occasione della penultima partita della fase a gironi contro il Nancy. Il 25 gennaio la UEFA ha annunciato l'ammissione automatica del Tottenham Hotspur al turno successivo. La decisione è stata confermata in appello dal TAS di Losanna.