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A gennaio Michael Berrer occupa una posizione ai quarti di finale dell'Aircel Chennai Open, qui deve però arrendersi all'elvetico Stanislas Wawrinka.
Al primo Slam dell'anno, gli Australian Open è sconfitto da Denis Istomin al secondo turno, dopo aver battuto al primo incontro Kristof Vliegen in 3 set.
Durante la seconda settimana degli Australian Open decide di giocare un torneo Challenger ad Heilbronn; riesce ad aggiudicarsi il torneo dopo aver battuto in due set il temibile kazako Andrej Golubev. La settimana seguente arriva fino in finale, per la prima volta in carriera, in un torneo ATP, allo Zagreb Open, dove però è sconfitto dal giocatore di casa Marin Čilić per 4-6 7-65 3-6.
Al Dubai Tennis Championships di febbraio, sconfigge Serhij Stachovs'kyj e addirittura Nikolaj Davydenko per poi raggiungere il terzo turno dove deve però arrendersi alla forza di Marcos Baghdatis che vince per 7-6 6-1.
Ad Indian Wells, al BNP Paribas Open, non supera il primo turno anche a causa del sorteggio maligno che gli pone di fronte Mardy Fish, americano più quotato di lui, che in tre set lo liquida. Al Masters 1000 di Miami, il Sony Ericsson Open, vince l'incontro del primo turno prima di fallire il confronto con lo spagnolo Feliciano López. Al primo match della stagione su campi in terra battuta, a Monte-Carlo, batte Evgenij Korolëv e l'argentino Juan Mónaco, pronto poi per incontrare la furia spagnola Rafael Nadal che lo sconfigge lasciandogli un solo game (6-0 6-1). Dopo questa buona esperienza non riesce a superare per ben tre volte consecutive il primo turno.