Ebner fu scelto nel corso del sesto giro del Draft 2012 dai New England Patriots[1]. Il 21 maggio firmò il suo contratto quadriennale con la franchigia. Nella sua stagione da rookie disputò 15 partite, principalmente come membro degli special team, mettendo a segno 14 tackle. Nel 2016 fu inserito nel Second-team All-Pro come special teamer[2].
Il 5 febbraio 2017 vince il suo secondo Super Bowl, il LI, disputato dai Patriots contro gli Atlanta Falcons e vinto dai primi, ai tempi supplementari (prima volta nella storia del Super Bowl), con il punteggio di 34-28.