Mispairing PCR

La mispairing PCR (polimerasi disaccoppiante) consente, insieme ad altre applicazioni, di creare siti di restrizione per particolari enzimi, laddove non fossero presenti naturalmente, con l’uso di primers contenenti una o più basi non complementari (mispair) alla reale sequenza da amplificare.

La condizione necessaria per l’appaiamento fra primer e templato è che, oltre alla serie di basi in 5’ a monte delle basi che non si appaiano, almeno le ultime 2 basi al 3’ del primer siano complementari al templato. Questa tecnica può essere sfruttata per individuare mutazioni o varianti alleliche di un gene, infatti, disegnando mispairing primers la cui estremità 3’ si appai appena a monte della base da verificare è possibile creare un sito di restrizione solo nel caso in cui sia presente una determinata vatiante allelica. Template:Censbio